[发明专利]一种转录组数据的表达定量方法及系统

说明书

本发明公开了一种转录组数据的表达定量方法及系统，该转录组数据的表达定量方法包括：将转录组样品进行测序，获得数据，以及将数据比对上参考基因组，获得比对结果；处理比对结果，得到单碱基的测序深度；根据单碱基的测序深度和外显子长度计算外显子平均测序深度；根据外显子平均测序深度进行聚类，确定内参基因；根据外显子平均测序深度和内参基因的外显子平均测序深度，将转录组数据进行归一化定量。

技术领域

本发明涉及生物信息技术领域，具体涉及一种转录组数据的表达定量方法及系统。

背景技术

目前转录组定量的信息分析方法，主要使用以下两种方法：

1.FPKM(Fragments Per Kilobase per Million mapped reads)。代表每百万测序片断中，中来自于某基因每千碱基长度的片断数。FPKM是将map到基因的片断数除以map到基因组上的所有片断数(以million为单位)与RNA的长度(以KB为单位)。

2.基于保守基因进行相对定量，它在RNA建库时，根据细胞的含量，加入一定比例的含有保守基因的标准品，在测序完成后，会将基因的表达量和标准品进行比较，得到一份相对表达量。这个方法的成本比较高，需要购买对应的标准品。同时还要对样品的分子数进行精确测量，比如先要测量待测样品中的RNA分子总量，再根据标准品的使用说明进行操作(每含有1000个RNA分子的待测样品，需要加入0.1mL的标准品)。此外，对人员技能的要求也比较高。

发明内容

本发明的目的在于提供一种转录组数据的表达定量方法及系统，用以解决现有技术中存在的问题。

为实现上述目的，本发明的技术方案为一种转录组数据的表达定量方法，该转录数据的表达定量方法包括：将转录组样品进行测序，获得数据，以及将数据比对上参考基因组，获得比对结果；处理比对结果，得到单碱基的测序深度；根据单碱基的测序深度和外显子长度计算外显子平均测序深度；根据外显子平均测序深度进行聚类，确定内参基因；根据外显子平均测序深度和内参基因的外显子平均测序深度，将转录组数据进行归一化定量。

可选的，将转录组样品进行测序，获得数据，以及将数据与参考基因组比对，获得比对结果，包括：将转录组样品通过Illumina平台进行测序，获得数据，以及将数据通过BWA与参考基因组比对，获得比对结果。

可选的，统计单碱基的测序深度，包括：通过SAMtools软件处理比对结果，得到单碱基的测序深度。

可选的，根据单碱基的测序深度和外显子长度计算外显子的平均测序深度，包括：累加外显子单碱基深度，再除以外显子长度。

可选的，根据外显子平均测序深度进行聚类，确定内参基因，包括：按外显子平均测序深度的相关性进行聚类，以及将表达稳定且平均测序深度最小的基因确定为内参基因。

可选的，根据外显子平均测序深度和内参基因的外显子平均测序深度，将转录组数据进行归一化定量，包括：将外显子平均测序深度除以参考基因的外显子平均测序深度，得到专利数据的表达量。

为实现上述目的，本发明的技术方案为一种转录组数据的表达定量系统，该转录数据的表达定量系统，包括：测序单元、比对单元、处理单元、计算单元、确定单元和定量单元；其中，测序单元，用于将转录组样品进行测序，获得数据；比对单元，用于将数据比对上参考基因组，获得比对结果；处理单元，处理比对结果，得到单碱基的测序深度；计算单元，用于根据单碱基的测序深度和外显子长度计算外显子平均测序深度；确定单元，用于根据外显子平均测序深度进行聚类，确定内参基因；定量单元，用于根据外显子平均测序深度和内参基因的外显子平均测序深度，将转录组数据进行归一化定量。

可选的，测序单元，具体用于将转录组样品通过Illumina平台进行测序，获得数据；比对单元，具体用于：将数据通过BWA与参考基因组比对，获得比对结果。