[发明专利]一种同时检测单基因疾病和染色体疾病的芯片及其应用

说明书

本发明公开了一种同时检测单基因疾病和染色体疾病的芯片及其应用。本发明提供了本发明提供的芯片，为根据检测单基因疾病和染色体疾病的目标捕获区域设计与其互补的探针，再将所述探针固定到芯片上，得到芯片；该芯片同时能够对snp、Indel和大片段缺失重复进行检测的芯片，预计检测单基因疾病4235余种，并根据疾病的具体特点去除了动态突变、体细胞突变及基因组印迹相关基因。通过在特定区域增加捕获区，对来源于DECIPHER、OMIM数据库的148余种染色体疾病进行拷贝数异常检测。通过整合现有已知的单基因及染色体疾病，做到“一站式”解决遗传突变，提高疾病突变的检出率的同时降低检测成本。

技术领域

本发明属于生物技术领域，尤其涉及一种同时检测单基因疾病和染色体疾病的芯片及其应用。

背景技术

CNV即拷贝数变异(copy number variation)，在人类基因组中分布广泛，是人类疾病的重要致病因素之一。致病性CNV可引起智力障碍、生长发育迟缓、自闭症、各种各样的出生缺陷、白血病和肿瘤等多种疾病。目前对CNV进行检测的方法主要有aCGH,SNP-array,CNV-seq、MLPA等。aCGH也称为基于芯片的比较基因组杂交(array-based comparativegenomic hybridization)。其采用的双杂交策略，可以检测全基因组水平上的CNV。SNP-array利用待测样本与芯片探针进行单杂交，通过比较不同样本信号的强度来确定每个位点的拷贝数。CNV-seq，即通过低倍全基因组测序检测CNV的技术，检测原理与aCGH相似。MLPA(multiplex ligation-dependent probe amplication，多重连接依赖式探针扩增)是针对待检DNA靶序列进行定性和半定量分析的技术。验证高度怀疑的特定基因中的点突变、甲基化、CNV。该技术具有快速及特异性高的特点，但是不能对染色体组进行全局分析。以上所有方法，除了SNP-array可对于某些固定的snp进行检测外，基本上无法对点突变进行检测。而对于某些疾病，特别是智力低下相关的疾病，除了大片段的缺失和重复致病外，还有很大可能是由点突变导致。这就意味着，如果智力低下患者未检出致病的大片段缺失和重复，还需要专门进行点突变方面的检测。点突变方面的检测现在的主要方法是基因捕获测序。该方法的主要优势在于可针对特定区域进行测序，有效降低了测序成本，提高了测序深度和准确性。但是，这类技术往往针对检测点突变和基因CDS区域的缺失重复，由于捕获的区域并不均匀，对于大片段，特别是染色体层面的缺失重复基本无能为力。

发明内容

本发明的一个目的是提供一种同时检测单基因疾病和染色体疾病的芯片。

本发明提供的芯片，为根据检测单基因疾病和染色体疾病的目标捕获区域设计与其互补的探针，再将所述探针固定到芯片上，得到芯片；

所述检测单基因疾病和染色体疾病的目标捕获区域按照包括如下步骤的方法获得：

1)、选取单基因疾病捕获区域和选取染色体疾病捕获区域；

所述选取单基因疾病捕获区域的方法包括如下步骤：

1)-1、将单基因疾病相关的每个基因的唯一转录本的CDS区，且将每个CDS区两边分别扩充10bp，记作捕获区域a；将与单基因疾病相关的每个基因对应每个转录本的差异序列，记作捕获区域b；

上述每个基因的唯一转录本为将每个基因根据Ensembl数据库(http://asia.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/Index)确定最常用或长度最长的转录本作为该基因对应的唯一转录本；

上述每个转录本的差异序列为每个基因对应的每个转录本两两比较的不同的序列；每个基因的每个转录本数据来源于https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables。

1)-2、将所述捕获区域a和所述捕获区域b合起来记作与单基因疾病相关的基因的捕获区域；