[发明专利]一种同时检测单基因疾病和染色体疾病的芯片及其应用

权利要求书

1.一种同时检测单基因疾病和染色体疾病的芯片，为根据检测单基因疾病和染色体疾病的目标捕获区域设计与其互补的探针，再将所述探针固定到芯片上，得到芯片；

所述检测单基因疾病和染色体疾病的目标捕获区域按照包括如下步骤的方法获得：

1)、选取单基因疾病捕获区域和选取染色体疾病捕获区域；

所述选取单基因疾病捕获区域的方法包括如下步骤：

1)-1、将单基因疾病相关的每个基因的唯一转录本的CDS区，且将每个CDS区两边分别扩充10bp，记作捕获区域a；将与单基因疾病相关的每个基因对应每个转录本的差异序列，记作捕获区域b；

1)-2、将所述捕获区域a和所述捕获区域b合起来记作与单基因疾病相关的基因的捕获区域；

所述选取染色体疾病捕获区域按照包括如下步骤的方法获得：

1)-3、选取各个染色体疾病相关的突变区域的所有基因中关键基因的捕获区域和非关键基因的捕获区域；

所述选取所有基因中关键基因的捕获区域的方法，包括如下步骤：

a)将所述所有基因中的每个关键基因的唯一转录本的CDS区，且将每个CDS区两边分别扩充10bp，记作捕获区域甲，且将所述每个关键基因对应所有转录本的差异序列，记作捕获区域乙；

b)、再将所述捕获区域甲和所述捕获区域乙合起来记作与染色体疾病相关的关键基因的捕获区域；

所述选取所有基因中非关键基因的捕获区域的方法，为如下c)-e)中任一种：

c)、若所有基因中含有小于等于15个非关键基因，则选取每个非关键基因CDS区上随机的100bp作为非关键基因的捕获区域；

d)、若所有基因中含有多于15个非关键基因且小于40个非关键基因，每三个非关键基因选取两个非关键基因的CDS区上随机的100bp作为非关键基因的捕获区域；

e)、若所有基因中含有大于等于40个非关键基因，每隔一个非关键基因的CDS区上随机的100bp作为非关键基因的捕获区域；

1)-6)将所有基因中关键基因的捕获区域和非关键基因的捕获区域组成染色体疾病捕获区域；

2)将所述单基因疾病捕获区域和所述染色体疾病的捕获区域作为检测单基因疾病和染色体疾病的目标捕获区域。

2.根据权利要求1所述的芯片，其特征在于：

所述单基因疾病相关的基因来源于所述基因疾病关联数据库或测序panel；

或所述各个染色体疾病相关的突变区域的所有基因来源于染色体疾病关联数据库。

3.根据权利要求1或2所述的芯片，其特征在于：

所述基因疾病关联数据库为OMIM、GeneReviews和/或Orphanet；

或所述染色体疾病关联数据库为Decipher数据库和/或OMIM数据库。

4.一种制备权利要求1-3任一所述的芯片的方法，包括如下步骤：根据权要求1-3中任一中的检测单基因疾病和染色体疾病的目标捕获区域设计与其互补的探针，再将所述探针固定到芯片上，得到芯片。

5.一种同时检测单基因疾病和染色体疾病的试剂盒，包括权利要求1-4中任一所述的芯片。

6.根据权利要求1-3中任一所述的芯片或权利要求5所述的试剂盒，其特征在于：

所述单基因疾病为1种或多种；

所述染色体疾病为1种或多种。

7.根据权利要求1-3中任一所述的芯片或权利要求5所述的试剂盒，其特征在于：

所述单基因疾病是由于基因组中碱基突变或致病性CNV引起的疾病；

所述染色体疾病是由于染色体突变或致病性CNV引起的疾病；

所述碱基突变为碱基缺失、碱基插入、碱基点突变或碱基重复；

所述染色体突变为染色体部分缺失或重复。

8.权利要求1-3中任一所述的芯片或权利要求5所述的试剂盒在同时检测单基因疾病和染色体疾病中的应用。