[发明专利]一种油菜转基因成分的检测方法在审
申请号: | 201810445004.9 | 申请日: | 2018-05-10 |
公开(公告)号: | CN108546737A | 公开(公告)日: | 2018-09-18 |
发明(设计)人: | 张振乾;程潜;官春云;熊兴华 | 申请(专利权)人: | 湖南农业大学 |
主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C12Q1/6869 |
代理公司: | 北京众合诚成知识产权代理有限公司 11246 | 代理人: | 夏艳 |
地址: | 410128 *** | 国省代码: | 湖南;43 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 转基因 标准基因 测序片段 待测样品 外源 测序文库 混合样品 高通量 引物 油菜 高通量测序 待检样品 定量检测 多重扩增 含量判断 恒温扩增 基因组 检测 测样 构建 核酸 内源 制备 抽样 成功 | ||
1.一种油菜转基因成分的检测方法,其特征在于,包括以下步骤:
S1、确定待测样品中需要检测的转基因成分、所述待测样品中的内源标准基因和所述待测样品的外源标准基因,所述待测样品为油菜植株或所述油菜植株的一部分;
S2、制备用于扩增所述转基因成分、所述内源标准基因和所述外源标准基因的测试区域的多重扩增引物;
S3、对所述待测样品进行抽样并混合,得到混合样品;
S4、提取所述混合样品的基因组;
S5、向所述混合样品的基因组中加入所述外源标准基因,得到混合核酸;
S6、利用所述多重扩增引物对所述混合核酸进行扩增,得到扩增产物,利用所述扩增产物构建高通量测序文库;
S7、对所述高通量测序文库进行高通量测序,得到测序片段组;
S8、分析所述测序片段组,获得所述待测样品中所述转基因成分的测序片段的数量、所述内源标准基因的测序片段的数量和所述外源标准基因的测序片段的数量;
S9、待检样品DNA在引物、Bst DNA聚合酶存在的条件下进行恒温扩增反应;
S10、结合所述外源标准基因的测序片段的数量以及根据扩增结果判断待检样品中是否存在转基因成分,判断实验是否成功;
S11、若所述实验成功,则计算所述待测样品种中所述转基因成分的含量;
S12、根据所述转基因成分的含量判断所述待测样品中是否含有转基因成分。
2.根据权利要求1所述的一种油菜转基因成分的检测方法,其特征在于,所述转基因成分为外源功能基因、抗性标记基因、启动子、终止子和外源插入旁侧序列中的至少一种。
3.根据权利要求1所述的一种油菜转基因成分的检测方法,其特征在于,所述内源标准基因为所述待测样品的基因组中的单拷贝基因。
4.根据权利要求1所述的一种油菜转基因成分的检测方法,其特征在于,所述外源标准基因不存在于所有生物中。
5.根据权利要求1所述的一种油菜转基因成分的检测方法,其特征在于,所述判断实验是否成功的方法为:当所述外源标准基因的测序片段的数量和所述内源标准基因的测序片段的数量均≥α1时,则实验成功;当所述外源标准基因的测序片段的数量或所述内源标准基因的测序片段的数量<α1时,则实验失败;其中,α1为判定阈值。
6.根据权利要求1所述的一种油菜转基因成分的检测方法,其特征在于,所述判定所述待测样品是否含有转基因成分的方法为:当需要检测的任意一种所述转基因成分的含量≥α2时,判定所述待测样品含有转基因成分;当所有所述转基因成分的含量<α2时,判定所述待测样品不含有转基因成分;其中,α2为判定阈值。
7.根据权利要求1所述的一种油菜转基因成分的检测方法,其特征在于,计算所述待测样品种中所述转基因成分的含量的方法为:第m种所述转基因成分的含量的计算公式为其中,i为所述第m种转基因成分的第i个所述测试区域,n1为所述第m种转基因成分的所述测试区域的个数,bi为所述第m种转基因成分的第i个所述测试区域的所述测序片段的数量,k为第k种所述内源标准基因,n3为所述内源标准基因的个数,j为第k种所述内源标准基因的第j个测试区域,n2为所述第k种内源标准基因的所述测试区域的个数,aj为所述第k种内源标准基因的第j种所述测试区域的所述测序片段的数量;N为所有所述内源标准基因的所述测试区域的总数。
8.根据权利要求1所述的一种油菜转基因成分的检测方法,其特征在于,所述外源标准基因的质量与所述混合样品的基因组的总质量的比例大于1/100000。
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