[发明专利]一种粪污噬菌体DNA的提取方法、提取粪污噬菌体DNA的试剂盒及该试剂盒的应用

说明书

本发明属于生物技术领域，公开了一种粪污噬菌体DNA的提取方法，该方法采用超滤浓缩法和硅胶吸附柱法相结合，即首先采用超滤浓缩器浓缩纯化噬菌体，然后再采用硅胶吸附柱法提取噬菌体DNA。本发明还公开了利用前述粪污噬菌体DNA的提取方法提取粪污噬菌体DNA的试剂盒及该试剂盒的应用。本发明的优点在于，通过对现有技术的改进，结合100‑kDa超滤浓缩器和硅胶吸附柱可以在5h内获得浓度约为53.47ng/μL的粪污噬菌体DNA，本发明提供的粪污噬菌体DNA的提取方法不仅缩短了提取时间，且提取的DNA浓度和纯度较好，满足后期qPCR和宏基因组测序要求。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种粪污噬菌体DNA的提取方法、提取粪污噬菌体DNA的试剂盒及该试剂盒的应用。

背景技术

肠道微生物群落是耐药基因的天然储存库，动物粪污中含有较丰富的耐药基因。噬菌体是一类以细菌为宿主的病毒，是耐药基因水平转移的重要载体，因此，提取噬菌体DNA是研究粪污DNA中耐药基因的种类和丰度的关键。Nature protocols中详细介绍了从粪污样品中提取噬菌体DNA的方法，利用CsCl 密度梯度离心对粪污获得的噬菌体原液进行纯化，再通过甲酰胺/CTAB法提取噬菌体DNA[Thurber,R.V.H.,Matthew Breitbart,MyaWegley,Linda Rohwer, Forest,Laboratory procedures to generate viralmetagenomes.Nature Protocols, 2009.4(4):470-483]。另一种噬菌体DNA提取方法是Quirós[Brown-Jaque,M., Calero-Cáceres,W.,Espinal,P.,Rodríguez-Navarro,J.,Miró,E.,González-López, J.J.,Cornejo,T.,Hurtado,J.C.,and F.Navarro,Muniesa,M.,Antibiotic resistance genes in phage particles isolated from human faeces andinduced from clinical bacterial isolates.International Journal ofAntimicrobial Agents,2018.51(3): 434-442]和Colomer-Lluch等[Colomer-Lluch,M.,Imamovic,L.,Jofre,J.,Muniesa, M.,Bacteriophages carrying antibioticresistance genes in fecal waste from cattle, pigs,and poultry.AntimicrobAgents Chemother,2011.55(10):49008-49011.]利用 100-kDa超滤浓缩器对噬菌体原液进行纯化浓缩，然后通过苯酚/氯仿抽提法提取DNA。上述的两种方法中，CsCl密度梯度离心法对设备要求高，且离心时间长；甲酰胺/CTAB法和苯酚/氯仿抽提法提取DNA也都比较耗时，且甲酰胺、 CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)和苯酚/氯仿都是对人体有害的溶剂。目前，急需开发一种可快速便捷粪污提取噬菌体DNA方法或试剂盒。

发明内容

为了解决现有技术存在的上述问题，本发明目的在于提供一种粪污噬菌体 DNA的提取方法、提取粪污噬菌体DNA的试剂盒及该试剂盒的应用。

本发明所采用的技术方案为：

一种粪污噬菌体DNA的提取方法，该方法采用超滤浓缩法和硅胶吸附柱法相结合，即首先采用超滤浓缩器浓缩纯化噬菌体，然后再采用硅胶吸附柱法提取噬菌体DNA。

具体的，上述粪污噬菌体DNA的提取方法，包括以下步骤：

(1)超滤浓缩法浓缩纯化噬菌体：对粪污进行预处理，得到滤液，利用 100-kDa超滤浓缩器对滤液进行浓缩，得到浓缩液；

(2)硅胶吸附柱法提取噬菌体DNA，具体包含以下步骤：