[发明专利]一种粪污噬菌体DNA的提取方法、提取粪污噬菌体DNA的试剂盒及该试剂盒的应用在审
| 申请号: | 201810394101.X | 申请日: | 2018-04-27 |
| 公开(公告)号: | CN108410858A | 公开(公告)日: | 2018-08-17 |
| 发明(设计)人: | 张安云;杨艳鲜;王红宁;雷昌伟;杨鑫 | 申请(专利权)人: | 四川大学 |
| 主分类号: | C12N15/10 | 分类号: | C12N15/10 |
| 代理公司: | 成都顶峰专利事务所(普通合伙) 51224 | 代理人: | 杨俊华 |
| 地址: | 610000 四*** | 国省代码: | 四川;51 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 噬菌体DNA 粪污 试剂盒 硅胶吸附柱法 超滤浓缩器 生物技术领域 硅胶吸附柱 超滤浓缩 方法提取 宏基因组 噬菌体 测序 应用 浓缩 改进 | ||
1.一种粪污噬菌体DNA的提取方法,其特征在于,该方法采用超滤浓缩法和硅胶吸附柱法相结合,即首先采用超滤浓缩器浓缩纯化噬菌体,然后再采用硅胶吸附柱法提取噬菌体DNA。
2.根据权利要求1所述的粪污噬菌体DNA的提取方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)超滤浓缩法浓缩纯化噬菌体:对粪污进行预处理,得到滤液,利用100-kDa超滤浓缩器对滤液进行浓缩,得到浓缩液;
(2)硅胶吸附柱法提取噬菌体DNA,具体包含以下步骤:
S1:向所述浓缩液中加入DNase I,反应后加入EDTA灭活DNase I,得到中间液一;
S2:向所述中间液一中加入蛋白酶K裂解噬菌体,反应,离心,取上清,得到噬菌体裂解液上清;
S3:向所述噬菌体裂解液上清中加入DNA结合液,混匀,加入乙醇,混匀,得到中间液二,将中间液二移入吸附柱,离心,去滤液,得到吸附柱一;
S4:向吸附柱一中加入去蛋白液,离心,去滤液,得到吸附柱二:
S5:向吸附柱二中加入漂洗液,离心,去滤液,得吸附柱;
S6:重复步骤S5;
S7:向吸附柱中加入TE洗脱液,离心,得到滤液,即所述粪污噬菌体DNA。
3.根据权利要求1或2所述的粪污噬菌体DNA的提取方法,其特征在于:所述结合液包含8mol/L盐酸胍,20mmol/L Tris-HCl,所述结合液的pH为6.5。
4.根据权利要求3所述的粪污噬菌体DNA的提取方法,其特征在于:所述去蛋白液包含4mol/L盐酸胍,20mmol/L Tris-HCl和乙醇,所述乙醇在所述去蛋白液中的体积百分数为70%,所述蛋白液的pH为6.5。
5.根据权利要求4所述的粪污噬菌体DNA的提取方法,其特征在于:所述漂洗液包含20mol/L NaCl,2mol/L Tris-HCl和乙醇,所述乙醇在所述漂洗液中的体积百分数为70%,所述漂洗液的pH为8.0。
6.根据权利要求5所述的粪污噬菌体DNA的提取方法,其特征在于:所述步骤S1中反应条件为37℃温育1h。
7.根据权利要求6所述的粪污噬菌体DNA的提取方法,其特征在于:所述S2中加入的蛋白酶K至蛋白酶K的终浓度为50μg/mL,所述S2中加入蛋白酶K后反应的条件为55℃温育1h,所述步骤S2中添加蛋白酶K时,还添加SDS至SDS的质量体积百分数为0.5%。
8.根据权利要求7所述的粪污噬菌体DNA的提取方法,其特征在于:所述粪污预处理包括以下步骤:向粪便中加入SM缓冲液,震荡,过滤,得到粪污预处理液,将粪污预处理液离心取上清,过滤,得到滤液。
9.一种利用权利要求3~8任意一项所述的粪污噬菌体DNA的提取方法提取粪污噬菌体DNA的试剂盒,其特征在于,包括硅胶吸附柱,还包括以下试剂:
(1)蛋白酶K;
(2)结合液,所述结合液包含8mol/L盐酸胍,20mmol/L Tris-HCl,所述结合液的pH为6.5;
(3)去蛋白液:所述去蛋白液包含4mol/L盐酸胍,20mmol/L Tris-HCl和乙醇,所述乙醇在所述去蛋白液中的体积百分数为70%,所述蛋白液的pH为6.5;
(4)漂洗液:所述漂洗液包含20mol/L NaCl,2mol/L Tris-HCl和乙醇,所述乙醇在所述漂洗液中的体积百分数为70%,所述漂洗液的pH为8.0;
(5)TE洗脱液。
10.一种权利要求9所述的试剂盒在提取粪污噬菌体DNA中的应用。
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