[发明专利]西瓜粘籽基因SNP分子标记及其筛选方法和应用

说明书

本发明公开了一种西瓜粘籽基因SNP分子标记及其筛选方法和应用。明确了一种西瓜粘籽基因的SNP位点。设计了一种所述SNP位点的dCAPs分子标记，其上游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；其下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。设计了所述SNP位点的dCAPs分子标记的筛选方法和西瓜粘籽基因型的鉴定方法。将所述SNP位点的dCAPs分子标记在鉴定和辅助筛选不同种质类型西瓜中应用。本发明可指导杂交育种亲本选配，以更快速、准确的进行粘籽西瓜的定向遗传改良；可为鉴定西瓜是否为粘籽提供新手段，加速西瓜粘籽特异性状的改良进程，提高育种的准确性和选择效率。

技术领域

本发明涉及西瓜育种技术领域，具体涉及一种西瓜粘籽基因SNP分子标记及其筛选方法和应用。

背景技术

粘籽西瓜耐干早耐瘠薄且抗性强，尤其具有栽培西瓜所不具有的高抗病毒性状。种子具有极薄的种皮，其种皮厚度仅仅为0.064mm，而普通西瓜的种皮厚度在0.2mm以上；粘籽西瓜种皮相对重量极轻，仅占种子总重的17.7%，其他西瓜都在49%以上，因此粘籽西瓜种子可食率较其他西瓜高30%～40%；粘籽西瓜种子具有较高的含油量，其中不饱和脂肪酸含量较高，具有较高的营养价值。

但是，粘籽西瓜果实的食用性状差，如大部分种质的果实具有苦味、果肉坚硬、白瓤、可溶性固形物含量低等野生或不良性状，粘籽西瓜和栽培西瓜杂交分离后，野生性状遗传较为复杂，并且粘籽与苦味、白瓤、硬果肉等低劣性状紧密连锁，常规的种质创新工作量巨大。

分子标记辅助筛选可以从分子水平上快速准确的分析个体的遗传组成，从而实现对基因型的直接筛选，进行分子育种。现有遗传分析表明，粘籽性状主要受1对隐性基因（eg）控制（Gusmini等，2004；谢春立 等，2011）。在粘籽QTL定位研究上，Prothro等（2012）在构建F₂群体遗基础上，将粘籽基因定位在第二遗传连锁群的57.8cM处，与最近的分子标记NW0248325距离为5.1 cM。

然而，分子标记辅助选择成功的关键在于所获得的分子标记是否与分析的性状紧密连锁及是否在同一物种的不同材料间具有通用性。但迄今为止，仍未获得在西瓜不同材料中通用的与粘籽西瓜类型相关的分子标记。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种能在西瓜不同材料中通用的与粘籽西瓜类型相关的SNP分子标记及其筛选方法应用。以实现对西瓜粘籽基因型的直接筛选，进行分子育种。

为解决上述技术问题，本发明采用如下技术方案：

明确了一种西瓜粘籽基因的SNP位点，该位点位于西瓜基因组8号染色体22989189bp处，其碱基由T突变为G。

设计一种所述SNP位点的dCAPs分子标记，命名为Npr372，其上游引物命名为Npr372F，核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；其下游引物命名为Npr372R，核苷酸序列如SEQID NO.2所示。

优选的，所述引物酶切反应所用限制性内切酶为Tag I。

设计一种所述SNP位点的dCAPs分子标记的筛选方法，包括以下步骤：

（1）选取不同类型的西瓜材料，进行简化基因组测序；

（2）结合群体多态性的差异确定群体间的受选择区域，获得与粘籽西瓜类型相关的染色体区间；

（3）结合西瓜材料的深度重测序筛选目标染色体区间存在的SNP突变位点，分析SNP位点的酶切信息，获得存在CAPS/dCAPS突变的序列，并设计CAPS/dCAPS分子标记引物，即得所述粘籽西瓜粘籽性状的dCAPs分子标记。

设计一种西瓜粘籽基因型的鉴定方法，包括以下步骤：

a. DNA提取：利用CTAB法提取西瓜叶片总DNA；