[发明专利]构建目的序列DNA文库的试剂盒及目的序列DNA文库的构建方法有效

专利信息
申请号: 201810369205.5 申请日: 2018-04-23
公开(公告)号: CN108588064B 公开(公告)日: 2019-07-26
发明(设计)人: 张素芬;严令华 申请(专利权)人: 上海桐树生物科技有限公司
主分类号: C12N15/10 分类号: C12N15/10;C40B50/06
代理公司: 广州华进联合专利商标代理有限公司 44224 代理人: 刘晓玲
地址: 200135 上海市浦东新*** 国省代码: 上海;31
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摘要:
搜索关键词: 构建 试剂盒 样本 多聚核苷酸 消化 待测样本 连接试剂 序列扩增 激酶 覆盖度 聚合酶 均一性 上接头 测序 扩增 去除 引物 文库
【说明书】:

发明涉及一种构建目的序列DNA文库的试剂盒及目的序列DNA文库的构建方法。该试剂盒包括:目的序列扩增试剂,用于从待测样本中扩增目的序列得到第一样本;消化试剂,用于去除第一样本中的引物得到第二样本,消化试剂包括0.2U/uL~2U/uL的UDG酶、0.2U/uL~5U/uL的Fpg酶、0.2U/uL~4U/uL的聚合酶及0.2U/uL~2U/uL的T4多聚核苷酸激酶;及连接试剂,用于对第二样本接上接头得到目的序列DNA文库。上述试剂盒的构建的文库质量较好、测序覆盖度较高且均一性较好。

技术领域

本发明涉及生物技术领域,特别是涉及一种构建目的序列DNA文库的试剂盒及目的序列DNA文库的构建方法。

背景技术

高通量测序技术(High-throughput sequencing)能够一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定。高通量测序技术涉及到的位点覆盖基因组的区域比较小,不仅能够降低测序的时间消耗,也减少研究成本,因此,高通量测序技术被广泛应用于基因诊断及基因治疗等。其中,扩增子建库技术通过从基因组DNA中捕获特定目标片段,并将目标片段纯化并富集含得到完成目标片段的基因文库。与全基因组测序技术相比,扩增子建库技术既可以节省大量的时间和经济成本,也可以满足科研人员对特定基因组的研究。现有的扩增子建库技术构建的文库质量较差,测序覆盖度较低且均一性较差。

发明内容

基于此,有必要提供一种构建目的序列DNA文库的试剂盒,该试剂盒构建的文库质量较好、测序覆盖度较高且均一性较好。

一种构建目的序列DNA文库的试剂盒,所述的试剂盒包括:

目的序列扩增试剂,用于从待测样本中扩增目的序列得到第一样本,所述目的序列扩增试剂包括目的序列扩增反应液,所述目的序列扩增反应液包括1U/mL~5U/mL的DNA聚合酶、300mM~500mM的KCl、10mM~15mM的MgCl2及8mM~12mM的dNTPs;

消化试剂,用于去除所述第一样本中的引物得到第二样本,所述消化试剂包括0.2U/uL~2U/uL的UDG酶、0.2U/uL~5U/uL的Fpg酶、0.2U/uL~4U/uL的聚合酶及0.2U/uL~2U/uL的T4多聚核苷酸激酶;及

连接试剂,用于对所述第二样本接上接头得到目的序列DNA文库,所述连接试剂包括连接反应液,所述连接反应液包括100U/μL~500U/μL的T4DNA连接酶、体积百分含量为5%~15%的PEG6000、体积百分含量为10%~15%的甘油、体积百分含量为2%~10%的1,2-丙二醇、8mM~12mM的KCl、0.5mM~2mM的ATP及1nM~3nM的dNTPs。

上述试剂盒包括目的序列扩增试剂、消化试剂及连接试剂,这些试剂的各组分之间相互协同,能够针对不同来源的样本及不同的基因均能够成功建库,且构建的目的序列的DNA文库质量好,测序覆盖度较高且均一性较好,测序的质量好。经实验验证,上述试剂盒构建的目的序列DNA文库的片段大小主要为150bp~250bp;经Ion Torrent PGM测序平台检测后,各样本的覆盖度均大于97%,均一性均大于98%,说明测序质量较好。此外,通过上述试剂盒对目的序列富集、接头连接和PCR扩增后,即得到DNA文库,以用于高通量测序,操作简单。

在其中一个实施例中,所述连接试剂还包括P1接头,所述P1接头包括P1接头的正向序列及P1接头的反向序列,所述P1接头的正向序列的碱基序列如SEQ ID No.1所示,所述P1接头的反向序列如SEQ ID No.2所示。

在其中一个实施例中,所述连接试剂还包括标签接头,所述标签接头包括标签接头的正向序列及标签接头的反向序列,所述标签接头的正向序列的碱基序列如SEQ IDNo.3所示,所述标签接头的反向序列如SEQ ID No.4所示。

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