[发明专利]构建目的序列DNA文库的试剂盒及目的序列DNA文库的构建方法有效
申请号: | 201810369205.5 | 申请日: | 2018-04-23 |
公开(公告)号: | CN108588064B | 公开(公告)日: | 2019-07-26 |
发明(设计)人: | 张素芬;严令华 | 申请(专利权)人: | 上海桐树生物科技有限公司 |
主分类号: | C12N15/10 | 分类号: | C12N15/10;C40B50/06 |
代理公司: | 广州华进联合专利商标代理有限公司 44224 | 代理人: | 刘晓玲 |
地址: | 200135 上海市浦东新*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 构建 试剂盒 样本 多聚核苷酸 消化 待测样本 连接试剂 序列扩增 激酶 覆盖度 聚合酶 均一性 上接头 测序 扩增 去除 引物 文库 | ||
1.一种构建目的序列DNA文库的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括:
目的序列扩增试剂,用于从待测样本中扩增目的序列得到第一样本,所述目的序列扩增试剂包括目的序列扩增反应液,所述目的序列扩增反应液包括1U/mL~5U/mL的DNA聚合酶、300mM~500mM的KCl、10mM~15mM的MgCl2及8mM~12mM的dNTPs,所述待测样本为FFPE样本;
消化试剂,用于去除所述第一样本中的引物得到第二样本,所述消化试剂由如下组分构成:0.2U/uL~2U/uL的UDG酶、0.2U/uL~5U/uL的Fpg酶、0.2U/uL~4U/uL的聚合酶及0.2U/uL~2U/uL的T4多聚核苷酸激酶,所述聚合酶选自T4 DNA聚合酶与Klenow片段中至少一种;及
连接试剂,用于对所述第二样本接上接头得到目的序列DNA文库,所述连接试剂包括连接反应液,所述连接反应液包括100U/μL~500U/μL的T4 DNA连接酶、体积百分含量为5%~15%的PEG6000、体积百分含量为10%~15%的甘油、体积百分含量为2%~10%的1,2-丙二醇、8mM~12mM的KCl、0.5mM~2mM的ATP及1nM~3nM的dNTPs。
2.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,所述连接试剂还包括P1接头,所述P1接头包括P1接头的正向序列及P1接头的反向序列,所述P1接头的正向序列的碱基序列如SEQID No.1所示,所述P1接头的反向序列如SEQ ID No.2所示。
3.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,所述连接试剂还包括标签接头,所述标签接头包括标签接头的正向序列及标签接头的反向序列,所述标签接头的正向序列的碱基序列如SEQ ID No.3所示,所述标签接头的反向序列如SEQ ID No.4所示。
4.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,所述目的序列DNA文库扩增试剂包括PCR正向扩增引物及PCR反向扩增引物,所述PCR正向扩增引物的碱基序列如SEQ ID No.37所示,所述PCR反向扩增引物的碱基序列如SEQ ID No.38所示。
5.根据权利要求4所述的试剂盒,其特征在于,所述目的序列DNA文库扩增试剂还包括PCR反应液,所述PCR反应液包括1U/μL~5U/μL的热启动高保真DNA聚合酶、18mM~22mM的(NH4)2SO4、1mM~3mM的MgSO4及220μM~240μMdNTPs混合液,且所述PCR反应液的pH为7.0~7.6。
6.根据权利要求4所述的试剂盒,其特征在于,所述目的序列为肿瘤驱动基因。
7.一种目的序列DNA文库的构建方法,其特征在于,包括如下步骤:
采用目的序列扩增试剂对待测样本进行多重PCR扩增反应得到第一样本,所述目的序列扩增试剂包括目的序列扩增反应液,所述目的序列扩增反应液包括1U/mL~5U/mL的DNA聚合酶、300mM~500mM的KCl、10mM~15mM的MgCl2及8mM~12mM的dNTPs,所述待测样本为FFPE样本;
将所述第一样本与消化试剂反应得到第二样本,所述消化试剂由如下组分构成:0.2U/uL~2U/uL的UDG酶、0.2U/uL~5U/uL的Fpg酶、0.2U/uL~4U/uL的聚合酶及0.2U/uL~2U/uL的T4多聚核苷酸激酶,所述聚合酶选自T4 DNA聚合酶与Klenow片段中至少一种;及
将所述第二样本与连接试剂反应,得到目的序列DNA文库,所述连接试剂包括连接反应液,所述连接反应液包括100U/μL~500U/μL的T4 DNA连接酶、体积百分含量为5%~15%的PEG6000、体积百分含量为10%~15%的甘油、体积百分含量为2%~10%的1,2-丙二醇、8mM~12mM的KCl、0.5mM~2mM的ATP及1nM~3nM的dNTPs。
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