[发明专利]一种基因多态性检测探针的筛选方法

说明书

本发明涉及基因多态性检测探针的筛选方法，包括以下步骤：(1)根据细菌16S rDNA保守区设计出通用探针，且设计出包含突变位点的模板序列；(2)根据GeneBank数据库的待测基因突变位点碱基序列，设计涵盖多态位点的多对筛选引物P₁和多对筛选引物P₂；(3)逐一取步骤(2)设计获得的多对筛选引物P₁和多对筛选引物P₂中的一对，分别与步骤(1)设计获得的通用探针、模板序列进行退火反应，筛选获得优选的模板序列；(4)根据优选的模板序列，合成与之匹配的荧光探针，即为最终的优选探针。本发明的基因多态性检测探针的筛选方法可避免因大量的探针筛选而引起的成本高和研发效率低的问题。

技术领域

本发明涉及基因检测技术，特别涉及一种基因多态性检测探针的筛选方法。

背景技术

现有的基因检测技术包括：(1)Sanger测序：是检测基因突变的金标准，但是由于其耗时长，操作繁琐，成本高，临床应用受限；(2)PCR-荧光熔解曲线法：利用不同双链DNA熔解Tm值不同检测基因突变的方法。通常包含染料法和探针法，该方法进行多重不对称扩增和多位点检测时，扩增难度增加，Tm值差异较难区分，往往需要多管扩增，降低了检测通量，开发成本较高；(3)荧光PCR法：利用荧光标记的探针与不同基因型靶序列特异性结合，从而产生特异性荧光信号进行检测，受PCR仪荧光通道限制，多位点检测成本较高；(4)PCR-RFLP：将PCR与限制性酶切相结合的传统方法，由于酶切操作繁琐及污染风险已很少在临床使用；(5)PCR-反向点杂交法：将PCR产物与固定在膜条上的特异性探针进行杂交，通过化学显色进行判读。但该方法存在耗时长、污染风险高以及特异性较差的缺陷；(6)突变扩增阻滞PCR(AMRS)：又称等位基因特异性扩增法，利用PCR引物的3’端末位碱基必须与其模板DNA互补才能有效扩增的原理，设计等位基因特异性扩增引物，只有引物3’碱基与模板配对时才能出现扩增带，从而检测突变。该方法需要严格控制反应条件，多重PCR扩增时难度更高，从而限制了临床应用。

在建立基因检测体系时，例如建立荧光熔解曲线检测体系，需要进行大量的探针筛选。目前，探针价格为1000-6000元/条，同时，探针合成周期一般为2-3周，因此，大量的探针筛选，不可避免存在研发成本高且合成速度慢的问题，极大的影响了研发的效率。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是：基于上述检测方案的不足，提供一种基因多态性检测探针的筛选方法，可避免因大量的探针筛选而引起的成本高和研发效率低的问题。

为了解决上述技术问题，本发明采用的技术方案为：

一种基因多态性检测探针的筛选方法，包括以下步骤：

(1)根据细菌16S rDNA保守区设计出通用探针，且设计出包含突变位点的模板序列；将通用探针顺序分为第一通用探针序列部分和第二通用探针序列部分；将模板序列顺序分成第一模板序列部分和第二模板序列部分；

(2)根据GeneBank数据库的待测基因突变位点碱基序列，设计涵盖多态位点的多对筛选引物P₁和多对筛选引物P₂；将筛选引物P₁顺序分成第一引物序列部分和第二引物序列部分；筛选引物P₂顺序分成第三引物序列部分和第四引物序列部分；

其中，多对筛选引物P₁和多对筛选引物P₂的设计满足以下设计原则：设计第一引物序列部分与第一模板序列部分互补；设计第三引物序列部分与第二模板序列部分互补；设计第二引物序列部分与第一通用探针序列部分互补，设计第四引物序列部分与第二通用探针序列部分互补；