[发明专利]一种基因多态性检测探针的筛选方法

权利要求书

1.一种基因多态性检测探针的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)根据细菌16S rDNA保守区设计出通用探针，且设计出包含突变位点的模板序列；将通用探针顺序分为第一通用探针序列部分和第二通用探针序列部分；将模板序列顺序分成第一模板序列部分和第二模板序列部分；

(2)根据GeneBank数据库的待测基因突变位点碱基序列，设计涵盖多态位点的多对筛选引物P₁和多对筛选引物P₂；将筛选引物P₁顺序分成第一引物序列部分和第二引物序列部分；筛选引物P₂顺序分成第三引物序列部分和第四引物序列部分；

其中，多对筛选引物P₁和多对筛选引物P₂的设计满足以下设计原则：设计第一引物序列部分与第一模板序列部分互补；设计第三引物序列部分与第二模板序列部分互补；设计第二引物序列部分与第一通用探针序列部分互补，设计第四引物序列部分与第二通用探针序列部分互补；

(3)逐一取步骤(2)设计获得的多对筛选引物P₁和多对筛选引物P₂中的一对筛选引物P₁和一对筛选引物P₂，分别与步骤(1)设计获得的通用探针、模板序列进行退火反应，筛选获得优选的筛选引物P₁和筛选引物P₂，进而筛选获得优选的模板序列；

(4)根据优选的模板序列，合成与之匹配的荧光探针，即为最终的优选探针。

2.根据权利要求1所述的基因多态性检测探针的筛选方法，其特征在于，所述通用探针为Taqman探针、Taqman-MGB探针、Molecular beacon探针或Molecular beacon-MGB探针。

3.根据权利要求1所述的基因多态性检测探针的筛选方法，其特征在于，所述通用探针的5’端标记荧光基团，3’端标记淬灭基团。

4.根据权利要求1-3任意一项所述的基因多态性检测探针的筛选方法，其特征在于，所述筛选方法用于筛选叶酸代谢基因MTHFR的基因多态性检测探针，所述通用探针的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，筛选获得的最终的优选探针包括用于检测MTHFR基因C677T位点和A1298C位点的探针，其核苷酸序列如SEQ ID No.2-3所示。

5.根据权利要求4所述的基因多态性检测探针的筛选方法，其特征在于，所述叶酸代谢基因MTHFR的基因多态性检测探针还包括内参探针，内参探针根据ACTB基因保守区设计，其核苷酸序列如SEQ ID No.4所示。

6.根据权利要求1-3任意一项所述的基因多态性检测探针的筛选方法，其特征在于，所述筛选方法用于筛选叶酸代谢基因MTRR的基因多态性检测探针，所述通用探针的核苷酸序列如SEQ ID No.5所示，筛选获得的最终的优选探针包括用于检测MTRR基因A66G位点的探针，其核苷酸序列如SEQ ID No.6所示。

7.根据权利要求6所述的基因多态性检测探针的筛选方法，其特征在于，所述叶酸代谢基因MTRR的基因多态性检测探针还包括内参探针，内参探针根据ACTB基因保守区设计，其核苷酸序列如SEQ ID No.7所示。