[发明专利]基于云计算的生物信息分析系统

权利要求书

1.基于云计算的生物信息分析系统，包括计算机、与所述计算机通信连接的云服务器，以及通过网页服务器与所述云服务器进行数据交互的云计算系统，其特征在于，所述云计算系统包括：用户界面模块，用于用户登录及可视化操作；上传及管理模块，用于数据及数据库的上传及管理；项目管理模块，用于生物信息分析项目的创建、查看、编辑、进程管理及输出，所述创建包括分析创建和管道创建，创建分析的同时还创建报告模板，创建的管道用于各分析软件之间的数据连接，所述进程管理包括数据导入、管道添加与删除、定义规则文件与输入文件、项目运行及监控，所述输出包括结果查看和报告导出；用户在计算机端通过通信网络登录云服务器，并经由网页服务器在云计算系统上进行可视化操作，将数据、数据库通过上传及管理模块上传至所述云计算系统，通过项目管理模块创建生物信息分析项目、导入分析数据、调用分析软件进行分析、获取分析结果并进行报告导出，不同分析软件之间的调用及逻辑关系通过进程管理来实现，研究人员只需输入原始分析数据，所述系统进行流程自动化分析，最后直接生成相应的结果文件及结果报告；

所述生物信息分析系统集成有多个生物信息分析子系统，各子系统之间相互独立；

所述创建包括分析创建和管道创建，创建分析的同时还创建报告模板，创建的管道用于各分析软件之间的数据连接；

所述管道创建包括上传docker、创建管道、创建step、创建报告和方法说明，首先，docker需要在自己本地机器上创建并保存，其在各自的账号之间不能交叉使用，以便于用户维护；其次，在创建管道时，如果希望所有step都在同一个容器中运行，则需在创建管道时选择docker，创建管道时需确认管道名称、管道类型、版本号、docker和状态；创建管道完成后，开始创建step，step分为预处理、运行和结果处理三个部分，用户可根据自己需要在相应的位置进行操作，所述创建step包括编辑step基本信息、配置每个分析软件的依赖输入文件、配置每个分析软件的命令行、输出定义、确定过滤条件和设置参数；然后创建报告，在创建报告的位置添加报告模板，所述报告模板模块化设置，可在添加管道的同时添加所述报告模板，因此，不考虑管道的多少，只要配置了报告模板，即可以自动生成最终的报告，所述报告可进行编辑，其编辑符合html的编辑方式，报告中可引入结果文件中的图片或表格；最后，所述方法说明为在分析进行时涉及的需要组与组之间比较时的说明，以及需要两个文件同时并行时的说明；

在添加管道时需要配置规则文件，确定上个管道的哪个输出作为新添加管道的输入，选择规则文件，将关联管道的规则文件作为输入，导入在新增管道的步骤中，在删除管道时，关联管道的依赖关系同时删除，利用管道将需要用到的分析软件关联起来，用户可选择单个管道执行分析，或按照关联好的管道选择全部执行，所述分析项目按照管道连线规则启动并自动化执行整个过程，在执行过程中，用户可查看启动日志、命令日志以及各管道的结果生成，还可以查看当前执行的命令行、当前运行目录下的所有文件、分析软件输出的错误流和输出，及容器资源占用情况，帮助进行资源结构优化，藉由CPU监控和内存监控，在内存比例最优原则下调整CPU。

2.如权利要求1所述的基于云计算的生物信息分析系统，其特征在于，数据上传包括用户数据、项目数据和公共数据的上传，数据管理包括数据的复制、移动、重命名、下载和删除。

3.如权利要求1所述的基于云计算的生物信息分析系统，其特征在于，所述上传及管理模块中的数据库包括物种数据库和其他数据库。

4.如权利要求1所述的基于云计算的生物信息分析系统，其特征在于，所述生物信息分析项目的进程管理涉及多个分析软件，所述多个分析软件为代码开源的生物分析软件。

5.如权利要求1所述的基于云计算的生物信息分析系统，其特征在于，所述生物信息分析系统包括四个子系统。