[发明专利]一种用于FLT3-ITD定量检测的装置

说明书

本发明涉及一种用于FLT3‑ITD定量检测的装置。该装置包括：数据获取模块、数据前期处理模块、定量计算模块以及检测结果输出模块。

技术领域

本发明涉及基因突变检测领域，具体涉及一种用于FLT3-ITD定量检测的装置。

背景技术

随着二代测序技术的快速发展，并逐渐应用于癌症方向的科学研究及临床检测，我们对癌症的生发发展、临床表现及发病机理有了全新的认识。大量研究表明，癌症的产生是与体细胞突变密切相关，并且这种突变往往仅出现在某一种肿瘤的亚克隆之中。亚克隆突变的研究为疾病病程发展及预后分层提供了新的方向。

高深度的二代测序技术可以检测亚克隆变异。利用目标序列捕获测序技术对基因组特定区域进行测序，可以做到高深度低成本，因此可以积累大量的样本，为精确估计基因组特定位点的假阳性率分布提供了有利条件。

急性髓细胞白血病(AML)中FLT3基因突变的最常见类型为内部串联重复突变(internal tandem duplication ITD),其次为酪氨酸激酶结构域点突变(Tyrosine-kinase domain TKD)。FLT3-ITD常累及外显子14和15或者11和/或12，AML患者在FLT3近膜区(JM)常存在内部串联重复序列(ITDs)，即以首尾相接的顺序插入若干个复制的核苷酸，为不定数量的碱基的复制，通常为3的倍数,因此读码框保持完整，使JM区延长，而其他结构域不受影响。这些突变在AML的发病机制中起重要的作用。AML患者中FLT3-ITD的发生率在成人约24％，儿童约10％～15％，继发性AML中约15％。2016年NCCN《急性髓细胞白血病临床实践指南》指出正常核型的患者出现FLT3-ITD突变，其预后明显不佳，属于高危组；在复发难治AML患者的治疗中提到，出现FLT3-ITD突变的患者可考虑使用去甲基化药物(5-氮杂胞苷5-azacytidine或地西他滨decitabine)加索拉非尼sorafenib的方案[NCCN-AML]。所以FLT3-ITD的定量检测对于AML病人至关重要。

目前主流的FLT3-ITD检测方法是基于cDNA的PCR扩增方法。这种检测方法的局限性在于，只能进行定量的检测，而无法同时获取到ITD发生的位置及序列信息。如果需要获取序列信息只能借助于1代sanger测序，而且还只限于ITD的定量在10％以上才能检出。也就是说，对于低频的ITD，只能获得定量信息，无法获得序列信息及位置信息。

另一种FLT3-ITD检测方法是直接利用NGS测序，再根据算法检测ITD(例如PINDEL)。该检测方法基于目标区域捕获的高深度测序，利用捕获的目标区域的信息来实现。由于捕获过程中可能对发生ITD的片段造成捕获缺失，从而导致目前的任何完全基于NGS测序算法(Pindel等)，都只适合做定性分析，而无法获得准确的定量结果。此外，该方法还存在以下不可避免的内在局限性：1、由于ITD的模版序列与正常的基因组差异较大，对捕获影响较大，可能较高比例的ITD经过捕获后只存在有限的突变支持read，不好判断真假；2、同样由于捕获的差异，使得最终获得的ITD只能是定性的结果，而无法获取准确的定量结果。

而且，目前医疗检测领域更加倾向于对于一个AML患者使用一种检测方法获得该患者的更加详尽的信息。这一点NGS完全满足要求，只抽一次血，就可以完成基因SNV、CNV、INDEL及ITD的检测。因此，迫切需要开发出新的算法，使得能够基于NGS进行FLT3-ITD的定量检测。

参考文献

1:http://journal.9med.net/html/qikan/yxxytzyx/xnjy/20123142/lcyjyjz/20120508085412484_568225.html

2:http://www.bloodjournal.org/content/128/22/1682？sso-checked＝true