[发明专利]与地中海水牛优良泌乳性状相关的单倍型组合与应用

说明书

本发明属于家畜分子标记筛选技术领域。具体涉及与地中海水牛优良泌乳性状相关的单倍型组合与应用。所述的分子标记从地中海水牛中克隆得到，筛选得到12个与泌乳性状关联的SNP标记，利用一个或其组合标记组成的单倍型对地中海水牛泌乳性状进行关联分析。ACSL1基因12个SNP标记的序列如SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:12所示。本发明还涉及ACSL1_SNP1至ACSL1_SNP12位点基因型的检测引物的开发和优良单倍型组合序列的应用，所述单倍型组合序列与地中海水牛高峰奶量、270d产奶量和270d乳蛋白量的性状显著相关。本发明为地中海水牛的标记辅助选择提供了新的遗传标记资源。

技术领域

本发明属于水牛分子标记筛选和辅助选择技术领域。具体涉及与地中海水牛优良泌乳性状相关的SNP标记及其单倍型组合与应用。本发明筛选到与地中海水牛泌乳性状关联的位于ACSL1基因上的12个SNP标记(简称为ACSL1_SNP1至ACSL1_SNP12)，本发明利用一种具有优良泌乳性状的ACSL1_SNP1-12位点上的单倍型组合对地中海水牛泌乳性状进行关联分析应用。

背景技术

水牛是全球第二大产奶家畜，是我国南方地区重要的畜种之一。水牛奶富含高乳脂、乳蛋白、矿物质和维生素等营养成分，其营养价值远超于荷斯坦奶牛所产的奶。尽管水牛奶享誉着“乳中之王”的美名，但因其自身的产奶量低，极大地限制了水牛作为奶畜的应用价值。截至目前，水牛尚未形成专门化的乳用品种，即使是产奶量较高的地中海水牛(产奶指数5左右)，距专门化乳用品种(MPI7)尚有一定差距。因此，培育高乳品质、高产奶量的水牛新品种是当今水牛育种工作的一大重点。借鉴荷斯坦奶牛育种成功的经验，利用分子育种技术，对产奶性状进行遗传改良，培育出专门化的乳用品种，是水牛育种工作的重要方向。

水牛的产奶性状主要包括产奶量、乳脂量、乳蛋白量、乳脂率和乳蛋白率。基于这五种产奶性状，利用标记辅助选择(Marker Assisted Selection，MAS)技术，通过对产奶性状基因或与之连锁的遗传标记的选择，实现对控制性状的数量性状基因座(QuantitativeTrait Loci，QTL)的选择，寻找对产奶性状有明显效应的主效基因，进而应用于水牛产奶性状的改良，对于培育专门化乳用品种具有重要意义。(杜超,魏鹏飞,郭妮妮,等.水牛产奶性状分子标记研究进展[J].中国畜牧杂志,2017,53(5):10-16.)

全基因组关联分析(Genome-Wide Association Study，GWAS)是应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Ploymorphism，SNP)为分子遗传标记，进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析。随着高密度SNP标记的高通量检测技术的发展,全基因组关联分析已成为鉴定畜禽经济性状基因的重要途径。Cosenza等研究了175头意大利地中海水牛的CSN1S1基因的单核苷酸多态性，结果发现3个SNP位点，分别位于第17外显子(c.628CT)和第19外显子(c.882GA，c.977AG)，其中，c.628CT导致了丝氨酸突变为亮氨酸，该SNP位点与乳蛋白率显著相关，且CC基因型个体乳蛋白率显著高于CT与TT基因型个体。(Cosenza G,Pauciullo A,Macciotta N P P,et al.Mediterranean riverbuffalo CSN1S1gene:search for polymorphisms and associationstudies[J].AnimalProduction Science,2014,55(5):1007–1027.)因此，可利用该位点的C等位基因在产奶性状的优势表型，固定优势C等位基因，人工选育出具有优良泌乳性状的水牛。