[发明专利]基于植物ITS2核基因DNA条形码对罂粟的鉴定方法在审
申请号: | 201810170228.3 | 申请日: | 2018-03-01 |
公开(公告)号: | CN108486268A | 公开(公告)日: | 2018-09-04 |
发明(设计)人: | 杨志云;杨俊波;伊廷双;张书东;甘露 | 申请(专利权)人: | 中国科学院昆明植物研究所 |
主分类号: | C12Q1/6895 | 分类号: | C12Q1/6895;C12Q1/6869;C12N15/11 |
代理公司: | 昆明协立知识产权代理事务所(普通合伙) 53108 | 代理人: | 旃习涵 |
地址: | 650201 *** | 国省代码: | 云南;53 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 罂粟 属植物 植物核基因 罂粟植物 分布区 核基因 信息位 罂粟科 比对 构建 位点 鸦片 数据库 采集 物种 总长 调查 发现 | ||
1.基于植物核基因ITS2对罂粟科罂粟属罂粟的鉴定方法,该方法使用罂粟属植物的ITS2核基因来检测罂粟,找到罂粟的特有碱基作为它与罂粟属内其它植物的序列差异的信息位点,由这些特征信息位点来区分罂粟属中与罂粟相似的植物。
2.根据权利要求1所述的基于植物核基因ITS2对罂粟科罂粟属罂粟的鉴定方法,其特征在于所述的罂粟的ITS2核基因总长为653bp,第47bp为C,第55-56bp为GG,第114bp为A,第131bp为G,第153为G,第219bp为A,第248bp为T,第494bp为C,第513-516bp为TAAA,第552bp为G。
3.根据权利要求1所述的基于植物核基因ITS2对罂粟科罂粟属罂粟的鉴定方法,其特征在于所述罂粟的核基因ITS2的序列,如ITS2所示。
4.一种基于植物核基因ITS2对罂粟科罂粟属罂粟的鉴定方法,其特征在于该方法包括下述步骤:
(1)提取待测样本DNA;
(2)利用DNA条形码引物进行PCR扩增,得到扩增产物,所述的DNA条形码引物序列为ITS2;
(3)对所述扩增产物进行测序,按照下列特异性位点进行类似罂粟植物的物种鉴定,罂粟的特征位点为:总长为653bp,第47bp为C,第55-56bp为GG,第114bp为A,第131bp为G,第153为G,第219bp为A,第248bp为T,第494bp为C,第513-516bp为TAAA,第552bp为G;
(4)对待测疑似罂粟的植物物种扩增产物进行测序,如果符合上述(3)的条件,则该待测样本为罂粟,如果不符合上述(3)的条件,则该待测样本不是罂粟。
5.根据权利要求4所述的基于植物核基因ITS2对罂粟科罂粟属罂粟的鉴定方法,其特征在于,所述PCR的扩增体系为25μL,体系包含Mg Cl2 2.0μL,d NTP 2.0μL,10×PCR缓冲液2.5μL,引物各1.0μL,ex Taq酶1.25U,总DNA 2.5μL;所述PCR的扩增条件为:94℃变性5min,1个循环;94℃变性30s,54℃退火30s,72℃延伸45s,进行30个循环;72℃延伸10min。
6.根据权利要求3所述的基于植物核基因ITS2对罂粟科罂粟属罂粟的鉴定方法,其特征在于,所述测序为双向测序,所述的测序引物为ITS2所示;所述测序的反应体系为5μL:其中ddH2O 3μL,10μmol/L测序引物0.5μL,测序反应混合物0.5μL,PCR纯化产物1μL;所述测序的反应条件为:94℃预变性10s;94℃变性30s,50℃退火5s,60℃延伸4min,进行30个循环。
7.一种基于分子数据的罂粟DNA条形码,所述DNA条形码引物为ITS2,总长为653bp,第47bp为C,第55-56bp为GG,第114bp为A,第131bp为G,第153为G,第219bp为A,第248bp为T,第494bp为C,第513-516bp为TAAA,第552bp为G。
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