[发明专利]一种使用叶绿体DNA条形码对罂粟的鉴定方法在审
申请号: | 201810170207.1 | 申请日: | 2018-03-01 |
公开(公告)号: | CN108396070A | 公开(公告)日: | 2018-08-14 |
发明(设计)人: | 杨俊波;杨志云;伊廷双;李洪涛;林春燕;曾春霞;杨继雄 | 申请(专利权)人: | 中国科学院昆明植物研究所 |
主分类号: | C12Q1/6895 | 分类号: | C12Q1/6895;C12Q1/6869;C12N15/11 |
代理公司: | 昆明协立知识产权代理事务所(普通合伙) 53108 | 代理人: | 旃习涵 |
地址: | 650201 *** | 国省代码: | 云南;53 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 罂粟 条形码 属植物 植物叶绿体 叶绿体DNA 基因DNA 分布区 信息位 叶绿体 罂粟科 比对 构建 位点 鸦片 数据库 采集 物种 总长 调查 发现 | ||
1.基于植物叶绿体基因DNA对罂粟科罂粟属罂粟的鉴定方法,使用罂粟属植物的叶绿体基因来检测罂粟(鸦片),并找到罂粟的特有碱基作为它与罂粟属植物的序列差异的信息位点,由这些特征信息位点来区分罂粟属中与罂粟相似的植物。
2.根据权利要求1所述的基于植物叶绿体基因DNA对罂粟科罂粟属罂粟的鉴定方法,其特征在于所述的罂粟的叶绿体DNA条形码基因总长为2645bP的序列,其中第105bp为A,第121bp为A,第333bp为A,第748bp为T,第1539bp为G,第1751bp为A,第2392bp为G,第2604bp为A。
3.根据权利要求1所述的基于植物叶绿体基因DNA条形码对罂粟科罂粟属罂粟的鉴定方法,其特征在于,所述DNA条形码的序列如matK、psbA-trnH、rbcL和trnL-trnF四个片段所示。
4.基于植物叶绿体基因DNA条形码对罂粟科罂粟属罂粟的鉴定方法,其特征在于该方法主要包括下述步骤:
(1)提取待测样本DNA;
(2)利用DNA条形码引物进行PCR扩增,得到扩增产物,所述的DNA条形码引物序列为matK、psbA-trnH、rbcL和trnL-trnF四个片段;
(3)对所述扩增产物进行测序,按照下列特异性位点进行罂粟植物的物种鉴定,罂粟的特征位点为:总长2645bP的序列中,第105bp为A,第121bp为A,第333bp为A,第748bp为T,第1539bp为G,第1751bp为A,第2392bp为G,第2604bp为A;
(4)对待测的疑似罂粟(鸦片)物种的扩增产物进行测序,如果符合上述(3)所列条件,则该待测样本为罂粟(鸦片);如果不符合上述(3)的条件,则该待测样本不是罂粟。
5.根据权利要求4所述的基于植物叶绿体基因DNA条形码对罂粟科罂粟属罂粟的鉴定方法,其特征在于所述PCR的扩增体系为25μL,体系包含Mg Cl22.0μL,d NTP 2.0μL,PCR缓冲液2.5μL,引物各1.0μL,ex Taq酶1.25U,总DNA 2.5μL;所述PCR的扩增条件为:94℃变性5min,1个循环;94℃变性30s,54℃退火30s,72℃延伸45s,进行30个循环;72℃延伸10min。
6.根据权利要求4所述的基于植物叶绿体基因DNA条形码对罂粟科罂粟属罂粟的鉴定方法,其特征在于,所述测序为双向测序,所述的测序引物为matK、psbA-trnH、rbcL和trnL-trnF四个片段所示;所述测序的反应体系为5μL:其中ddH2O 3μL,10μmol/L测序引物0.5μL,测序反应混合物0.5μL,PCR纯化产物1μL;所述测序的反应条件为:94℃预变性10s;94℃变性30s,50℃退火5s,60℃延伸4min,进行30个循环。
7.一种基于大数据的罂粟DNA条形码,其特征在于所述的罂粟DNA条形码为由引物序列matK、psbA-trnH、rbcL和trnL-trnF四个片段,得到的总长为2645bP的序列,第105bp为A,第121bp为A,第333bp为A,第748bp为T,第1539bp为G,第1751bp为A,第2392bp为G,第2604bp为A。
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