[发明专利]微卫星稳定性状态检测的方法及试剂盒在审
| 申请号: | 201810115425.5 | 申请日: | 2018-02-06 |
| 公开(公告)号: | CN108220405A | 公开(公告)日: | 2018-06-29 |
| 发明(设计)人: | 符雷;樊晓婷;张涛;李冬冬;王红卫;王强;徐赛涛 | 申请(专利权)人: | 上海汇真生物科技有限公司 |
| 主分类号: | C12Q1/6858 | 分类号: | C12Q1/6858;C12Q1/6886 |
| 代理公司: | 北京中济纬天专利代理有限公司 11429 | 代理人: | 覃婧婵 |
| 地址: | 201203 上海市浦*** | 国省代码: | 上海;31 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 检测 位点 单核苷酸重复 稳定性状态 准单态性 试剂盒 微卫星 核苷酸重复 同步检测 样本来源 多态性 灵敏性 样本 混淆 | ||
1.一种检测微卫星稳定性状态的方法,所述方法包括:
(1)PCR扩增样品中5个准单态性单核苷酸重复位点;
(2)对PCR扩增产物进行毛细管电泳检测;
(3)荧光检测,用基因测序仪检测扩增产物的大小及荧光强度;
(4)数据采集与分析;
其特征在于,所述5个准单态性单核苷酸重复位点为NR-21、BAT-25、BAT-26、NR-24和MONO-27;还包括同步扩增和检测2个多态性五核苷酸重复位点,所述2个多态性五核苷酸重复位点为Penta D和Penta E。
2.根据权利要求1所述检测微卫星稳定性状态的方法,其特征在于NR-21、BAT-25、BAT-26、NR-24和MONO-27的核苷酸序列分别为SEQ ID NO:1-5。
3.根据权利要求1所述检测微卫星稳定性状态的方法,其特征在于5个准单态性单核苷酸重复位点的PCR扩增引物为:SEQ ID NO:8-9、SEQ ID NO:10-11、SEQ ID NO:12-13、SEQID NO:14-15、SEQ ID NO:16-17。
4.根据权利要求1所述检测微卫星稳定性状态的方法,其特征在于所述Penta D和Penta E的核苷酸序列分别为SEQ ID NO:6-7。
5.根据权利要求4所述检测微卫星稳定性状态的方法,同步扩增Penta D和Penta E的引物对分别为SEQ ID NO:18-19、SEQ ID NO:20-21。
6.根据权利要求1-5所述检测微卫星稳定性状态的方法,其特征在于所述扩增引物分别由三种不同颜色的荧光素标记,三组荧光标记的组合分别为:第一组NR-21、BAT-26、MONO-27;第二组:BAT-25和Penta D;第三组:NR-24和Penta E。
7.根据权利要求6所述检测微卫星稳定性状态的方法,所述三种荧光素标记为FAM、HEX和ROX,优选第一组重复位点的扩增引物以FAM标记、第二组重复位点的扩增引物以HEX标记、第三组重复位点的扩增引物以ROX标记。
8.一种用于进行权利要求1-7所述方法的试剂盒,其特征在于包括以下引物对:SEQ IDNO:8-9、SEQ ID NO:10-11、SEQ ID NO:12-13、SEQ ID NO:14-15、SEQ ID NO:16-17;以及扩增Penta D的引物对SEQ ID NO:18-19、扩展Penta E的引物对SEQ ID NO:20-21,其中上游引物的5’端带有荧光素标记。
9.如权利要求8所述的试剂盒,其特征在于试剂盒中包含引物混合液,所述引物混合液中各引物对浓度如下:SEQ ID NO:8-9为5μM、SEQ ID NO:10-11为3.75μM、SEQ ID NO:12-13为5μM、SEQ ID NO:14-15为25μM、SEQ ID NO:16-17为5μM、SEQ ID NO:18-19为1.25μM、SEQID NO:20-21为10μM。
10.如权利要求8或9所述的试剂盒,其特征在于试剂盒中还包括dNTP、10×Buffer、DNA聚合酶。
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