[发明专利]一种基于高通量测序技术的吸烟成瘾风险预测方法及戒烟指导方法

权利要求书

1.一种基于高通量测序技术的吸烟成瘾风险预测方法及戒烟指导方法，其特征在于：主要包括如下步骤：

步骤一：构建吸烟成瘾易感基因遗传突变信息数据库；

步骤二：对个体进行全基因测序得到个体全部遗传突变信息；

步骤三：根据步骤二得到的个体全部遗传突变信息和步骤一构建的数据库对比，分析预测个体吸烟成瘾的风险；

步骤四：根据步骤二确定的个体全部遗传突变信息中与戒烟药物相关基因的突变位点，从而指导个体化用药；

步骤五：根据步骤三分析预测的个体吸烟成瘾风险，采取积极主动的健康干预行为。

2.根据权利要求1所述的一种基于高通量测序技术的吸烟成瘾风险预测方法及戒烟指导方法，其特征在于：

所述步骤一：构建吸烟成瘾易感基因遗传突变信息数据库的具体方法为：

阶段(一)、在ClinVar数据库以及GWAS-catalog数据库中，通过程序语言编写脚本搜索并提取与吸烟成瘾相关的所有易感基因和遗传变异；

阶段(二)、数据筛选和分类：根据ClinVar数据库中提取的关于每个遗传变异的相关信息筛选易感SNP位点，对所有遗传变异进行可靠性分类；同时，根据GWAS-catalog数据库中提取的关于变异的P值对遗传变异进行筛选，以便筛选出有效的吸烟成瘾易感基因遗传变异；

阶段(三)、整理汇总在阶段(二)中收集的数据，以便形成吸烟成瘾易感基因panel以及吸烟成瘾易感基因panel所包含的所有有效遗传变异信息，同时，用MySQL系统构建与吸烟成瘾易感基因panel所包含的所有有效遗传变异信息相关的本地数据库。

3.根据权利要求1所述的一种基于高通量测序技术的吸烟成瘾风险预测方法及戒烟指导方法，其特征在于：

所述步骤二：对个体进行全基因测序得到个体全部遗传突变信息的具体方法为：

A、全基因组测序：使用Covaris仪器对个体的DNA样本进行随机打断，将打断后的DNA样本的末端补平并加接头，采用磁珠对末端补平并加接头的DNA样本进行目的片段的筛选，之后进行DNA样本的cluster制备，最后使用IlluminaHiSeq X Ten对DNA样本的cluster进行测序，得到测序原始数据；

B、下机原始数据的质控：利用FastQC软件对测序原始数据进行包括测序质量、接头、序列重复水平的质控指标的检测，然后使用Trimmomatic软件去除测序原始数据中低质量的Reads、切去接头和低质量序列，得到测序质控数据；

C、序列比对：利用BWA对测序质控数据进行片段比对和拼接，所述片段比对和拼接包括测序片段覆盖倍数的估计、重复片段标记、将比对到Indel附近的Reads进行局部重新比对、将比对的错误率降到最低以及将测序质控数据的bam文件中Reads的碱基质量值进行重新校正，以使最后输出的测序质控数据的bam文件中的Reads与人类的参考基因组序列能更好地匹配；

D、突变位点提取：利用GATK软件中的HaplotypeCaller对在“C”中完成比对的测序质控数据中的序列进行遗传突变位点提取，所述遗传突变位点包括SNP和Indel两种突变类型，再利用GATK软件中的VQSR方法对提取的变异结果进行过滤，得到高质量遗传突变信息并保存在VCF文件中。