[发明专利]克柔念珠菌STR分子标记及其应用

说明书

本发明公开了克柔念珠菌STR分子标记及其应用，其中共包括46个高度多态的微卫星位点（SEQ ID NO:1‑40）。同时，提供了一套能够高效扩增克柔念珠菌群体的特导性引物（SEQ ID NO:41‑120）和检测条件。这一套克柔念珠菌的微卫星标记，不仅可以用于球形孢子丝菌的遗传背景分析和分子溯源，同时也可应用于球形孢子丝菌的分子流行病学、群体遗传学和系统进化分析。

技术领域

本发明属于分子生物学检测技术领域，具体涉及克柔念珠菌STR分子标记及其应用。

背景技术

克柔念珠菌(Candida krusei，同物异名Pichia kudriavzevii、Issatchenkiaorientalis)是一种全球范围内临床重要的致病性真菌。克柔念珠菌可引起多种类型的感染，包括皮肤感染、角膜炎、念珠菌血症等。该种病原对临床常用的抗真菌药物——氟康唑(Fluconazole)具有天然耐药性。因此，对于克柔念珠菌的分子生物学研究具有重要的科学意义和临床价值。

目前，用于克柔念珠菌主要分子标记仍然是ITS、beta-tublin、Calmodulin等，但这些序列的种内多态性较低，无法满足克柔念珠菌的分子溯源、群体遗传学和分子流行病学研究等工作的需要。因此，本发明所提供的种内高度多态的微卫星位点标记及其扩增方法，具体重要的意义。

微卫星，有时称为SSR(simple sequence repeats)，STR(short tandemrepeats)，VNTR(variable number tandem repeats)，指基因组DNA上的串联重复序列，重复单元一般为1-6bp，重复次数一般为5-40次。此为核心区域，而在其两侧有相对保守的侧翼序列。通过在保守的侧翼序列设计PCR引物，检测PCR产物的长度，可以进行遗传多态性分析。该检测方法具有多态性高，特异性好，共显性遗传，成本低，通量高等优点，因此在分子生态学、分子育种等方面已有着比较广泛的应用。而在病原真菌方面，目前应用相对较少，其中一个重要原因在于真菌中的微卫星位点相对较少，获得微卫星位点信息的难度较大。

发明内容

针对上述现有技术存在的问题，本发明提供克柔念珠菌STR分子标记及其应用。

为了实现上述目的，本发明采用的技术方案是：

本发明提供一种克柔念珠菌STR分子标记，所述STR分子标记为SEQ IDNO:1-40所示序列中的任一个。

本发明还提供克柔念珠菌STR分子标记组合，所述STR分子标记组合为权利要求1所述STR分子标记中的任意两个或多个组合。

本发明还提供用于检测上述STR分子标记的引物

优选的是，40个STR分子标记对应的引物序列分别如SEQ ID NO:41-120所示。其中，SEQ ID NO:1所示序列的STR分子标记对应的引物序列为SEQ ID NO:41-42，SEQ ID NO:2所示序列的STR分子标记对应的引物序列为SEQ ID NO:43-44，SEQ ID NO:3所示序列的STR分子标记对应的引物序列为SEQ ID NO:45-46，以此类推。

本发明还提供用于检测上述STR分子标记的试剂盒。

本发明还提供STR分子标记单独或组合使用在克柔念珠菌的分子分型、分子溯源、群体遗传学和系统进化分析中的应用。

本发明还提供STR分子标记的检测方法，包括以下步骤：

(1)提取克柔念珠菌的基因组DNA；

(2)合成SEQ ID NO:41-120所示的引物，并使用荧光染料对正向引物5'端进行标记，获得荧光标记的引物组；

(3)以步骤(1)提取的基因组DNA为模板，利用步骤(2)荧光标记的引物组进行PCR扩增；