[发明专利]一种稻瘟病抗性基因Pigm功能特异性分子标记及其应用

说明书

技术领域

本发明属于农业生物技术领域，特别涉及一种稻瘟病抗性基因Pigm功能性分子标记及其应用。

背景技术

由稻瘟病菌(Magnapothe oryzae)引起的稻瘟病害是水稻最重要的病害，给世界水稻的主产区都会造成严重的损失。由于稻瘟病生理小种致病性变异频繁，导致多数抗性品种会在种植3〜5年时间里逐渐丧失抗性；因此，鉴定和合理利用广谱抗性基因是抗病品种的重要途径。近年来，随着多个水稻稻瘟病抗性基因得以被精细定位或克隆（Su et al. 2015），以及分子标记的发展及应用，促进了抗性基因的鉴定以及多抗病基因聚合育种的发展。但在已克隆的抗性基因中，多数高抗基因成簇分布在同一区域上，如Pi2/9, Pik和Pi-ta等基因座，连锁标记无法将同一基因座的基因分辨开来。因此，直接分析功能等位基因本身的序列并开发其功能特异性的分子标记来对目标基因进行选择，不仅选择可靠性高，还会大大加快了育种步伐。

Pigm位于Pi2/9基因座上，目前在该基因座上至今已至少发现Pi2, Piz-t，Pi9和Pigm等抗性基因；Pigm是其中较为重要的抗病基因之一，随着该基因被克隆及相关研究成果的发表，我们基本可以确定Pigm是当前最广谱高抗的基因之一。当前，研究者已利用开发出一些与Pigm连锁的分子标记，如“抗稻瘟病基因Pigm的检测方法及其应用（CN 106929585 A）”，“一种水稻抗瘟病基因Pigm的分子标记及其应用（CN 107034308 A）”和“一种与水稻稻瘟病抗性基因紧密连锁的分子标记、引物及其应用（CN 107164547 A）” 等。这些标记要么是基于特定亲本间的多态性分析，要么是位于抗性基因Pigm的侧翼，与目标基因存在着一定的物理距离；它们只适用于部分亲本间，不宜于种质资源鉴定或抗性资源筛选。因此，为了能更准确有效地将稻瘟病广谱抗性基因Pigm应用到水稻抗性育种工作中，有必要开发真实反映目标基因、方便易用的Ρigm特异的分子标记。

发明内容

为了克服现有技术的不足与缺点，本发明的首要目的在于提供一种稻瘟病抗性基因Pigm基因功能特异性分子标记Pigm-SM。

本发明的另一目的在于提供所述的稻瘟病抗性基因Pigm基因特异性分子标记Pigm-SM的检测方法。

本发明的再一目的在于提供所述的稻瘟病抗性基因Pigm基因功能特异性分子标记Pigm-SM的应用。

本发明的目的通过下述技术方案实现：

一种稻瘟病抗性基因Pigm基因功能特异性分子标记Pigm-SM，是通过引物对SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2从水稻基因组DNA中扩增出与稻瘟病抗性基因Pigm呈特异性带型的分子标记；

Fl:SEQ ID NO.1（5’ -3’）: TTTCGTTTGCTATGAGCAC ；

Rl:SEQ ID NO.2（5’ -3’）：ACTGGACTATGTGATCGGT ；

所述的水稻品种为谷梅4号（Pigm供体亲本）；

所述的稻瘟病抗性基因Pigm包括Pigm-R2的3’UTR片段I和Pigm-R4和Pigm-R6的NBS-LRR片段II

I: tttcgtttgctat gagcaccaat cgtttgctag aatgtctgaa agatcttgtg tacatatggt ggactgaaca attgaacatt acaagttatc atattttata ttgttgctaa ccgatcacat agtcc agt。

II: tttcgtttgctat gcgcagttgcgcac caaccgtttg ctagaatgtc tgaaagagcc tatgtacata tggtggcctg aacattacaa gttatcatat tttatattgt tgctagcttt cctttcaaaa aaaaaaaatt gttcctaacc gatcacatag tccagt。