[发明专利]一种稻瘟病抗性基因Pigm功能特异性分子标记及其应用

权利要求书

1.一种稻瘟病抗性基因Pigm基因功能特异性分子标记的引物对，其特征在于：所述引物对序列如SEQ ID NO.1-2所示。

2.一种稻瘟病抗性基因Pigm基因功能特异性分子标记，其特征在于：是通过所述的引物对SEQ ID NO.1-2从水稻基因组DNA中扩增出与稻瘟病抗性基因Pigm呈特异性带型的分子标记。

3.根据权利要求2所述的一种稻瘟病抗性基因Pigm基因功能特异性分子标记，其特征在于：所述的稻瘟病抗性基因Pigm包括编码NBS-LRR类蛋白的基因片段I和II，I和II序列分别如SEQ ID NO.3-4所示。

4.如权利要求2所述的稻瘟病抗性基因Pigm的功能特异性分子标记的检测方法，其特征在于：通过比对多个水稻稻瘟病抗性基因Pigm的等位基因序列，包含以下步骤:

(1)从公共数据库中下载得到的Pigm及其同源的基因组序列以及测序品种日本晴相对应区域的基因组序列，针对Pigm位点进行序列比对，筛查Pigm特异的、能区别于该位点其他稻瘟病等位抗性基因的多态性位点；

(2)利用步骤(1)获得的多态性信息，根据标记的设计原理，在所述多态性位点处上下游100〜200bp处设计基因特异性引物，引物对序列如SEQ ID NO.1-2所示；

(3)以携带有稻瘟病抗性基因Pigm的稻瘟病抗性品种谷梅4号的总DNA为模板，进行PCR扩增，所获得的PCR产物即为稻瘟病抗性基因Pigm基因特异性分子标记Pigm-SM 。

5.如权利要求2所述的稻瘟病抗性基因Pigm基因特异性分子标记在鉴别水稻品种稻瘟病抗性基因中的应用。

6.根据权利要求2所述的的稻瘟病抗性基因Pigm基因特异性分子标记在鉴别Pi2/9基因簇区域不同的稻瘟病抗性基因中的应用。