[发明专利]通过细菌宏基因组分析来诊断前列腺疾病的方法

权利要求书

1.一种为前列腺疾病诊断提供信息的方法，该方法包括以下过程：

(a)从分离自受试者样品的细胞外囊泡中提取DNA；

(b)使用具有SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2的成对的引物对所提取的所述DNA进行聚合酶链式反应(PCR)；以及

(c)通过对所述PCR的产物进行测序，比较来源于正常个体的样品和来源于前列腺癌患者的样品之间的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少，

通过对所述PCR的产物进行测序，比较来源于前列腺增生患者的样品和来源于前列腺癌患者的样品之间的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少，或者

通过对所述PCR的产物进行测序，比较来源于正常个体的样品和来源于前列腺增生患者的样品之间的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，在过程(c)中，经由通过对所述PCR的产物进行测序，比较来源于正常个体的样品和来源于前列腺癌患者的样品之间的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少来诊断前列腺癌。

3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述比较包括比较：

来源于选自由柔膜菌门(Tenericutes)、广古菌门(Euryarchaeota)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)和浮霉菌门(Planctomycetes)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；

来源于选自由柔膜细菌纲(Mollicutes)、甲烷杆菌纲(Methanobacteria)、疣微菌纲(Verrucomicrobiae)、酸微菌纲(Acidimicrobiia)、斯巴达杆菌纲(Spartobacteria)、酸杆菌-6纲(Acidobacteria-6)、芽单胞菌纲(Gemmatimonadetes)、嗜酸杆菌纲(Acidobacteriia)、土圈菌纲(Pedosphaerae)和腐螺旋菌纲(Saprospirae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；

来源于选自由不等鞭毛目(Stramenopiles)、交替单胞菌目(Alteromonadales)、立克次体目(Rickettsiales)、奈氏球菌目(Neisseriales)、甲烷杆菌目(Methanobacteriales)、疣微菌目(Verrucomicrobiales)、粘球菌目(Myxococcales)、酸微菌目(Acidimicrobiales)、西索恩氏菌目(Chthoniobacterales)、酸杆菌目(Acidobacteriales)、土圈菌目(Pedosphaerales)、腐螺旋菌目(Saprospirales)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、RF39目、iii1-15目和Ellin329目组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；

来源于选自由消化球菌科(Peptococcaceae)、渺小杆菌科(Exiguobacteraceae)、放线菌科(Actinomycetaceae)、纤维素单胞菌科(Cellulomonadaceae)、线粒体科(Mitochondria)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)、黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、莫拉菌科(Moraxellaceae)、奈瑟菌科(Neisseriaceae)、甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)、疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、周蝶菌科(Weeksellaceae)、链霉菌科(Streptomycetaceae)、螺杆菌科(Helicobacteraceae)、西索恩氏菌科(Chthoniobacteraceae)、科里氏菌科(Koribacteraceae)、噬几丁质菌科(Chitinophagaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)和S24-7科组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；或

来源于选自由根瘤菌属(Rhizobium)、四联球菌属(Tetragenococcus)、变形杆菌属(Proteus)、摩根氏菌属(Morganella)、渺小杆菌属(Exiguobacterium)、金杆菌属(Oribacterium)、紫单胞菌属(Porphyromonas)、放线菌属(Actinomyces)、纤维单胞菌属(Cellulomonas)、咸海鲜球菌属(Jeotgalicoccus)、不动菌属(Acinetobacter)、梭杆菌属(Fusobacterium)、肠杆菌属(Enterobacter)、奈瑟菌属(Neisseria)、安德克氏菌属(Adlercreutzia)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、粪便杆菌属(Faecalibacterium)、链型杆菌属(Catenibacterium)、罗斯氏菌属(Roseburia)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、梭菌属(Clostridium)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、金黄色杆菌属(Chryseobacterium)、盐单胞菌属(Halomonas)、聚生杆菌属(Aggregatibacter)、红游动菌属(Rhodoplanes)、嗜热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium)、柯里氏念珠菌属(Candidatus Koribacter)、柔螺菌属(Flexispira)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、明串珠菌属(Leuconostoc)、嗜胆菌属(Bilophila)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)和SMB53属组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。