[发明专利]用于环状共有序列测序的单链环状DNA文库

权利要求书

1.从包含多种双链靶核酸分子的样品制备环状单链靶核酸分子的文库的方法，所述方法包括：

a.将衔接子连接至所述双链靶核酸分子的每个末端，由此形成衔接子-连接的双链分子；

b.使所述衔接子-连接的双链分子变性，由此形成衔接子-连接的分子的两条链；

c.使捕获分子退火至所述衔接子-连接的分子的每条链，由此形成包含与在所述衔接子-连接的分子的链的5'-末端和3'-末端的衔接子序列杂交的捕获分子的杂合分子，其中所述捕获分子是环状单链核酸分子，其包含与所述衔接子的至少一部分互补的两个序列；

d.延伸所述衔接子-连接的分子的链的3'-末端，以到达所述衔接子-连接的分子的链的5'-末端；

e.连接所述衔接子-连接的分子的链的5'-末端和3'-末端，由此形成包含所述捕获分子和所述衔接子-连接的分子的环化链的杂合分子；和

f.将所述捕获分子与所述衔接子-连接的分子的环化链分离，由此形成环状单链靶核酸分子的文库。

2.权利要求1的方法，其中所述衔接子包含至少一个双链区域和至少一个单链区域，其各自包含两条链。

3.权利要求1的方法，其中所述衔接子包含至少一个条形码。

4.权利要求1的方法，其中所述衔接子包含至少一个引物结合位点。

5.权利要求4的方法，其中所述引物结合位点是测序引物结合位点。

6.权利要求2的方法，其中所述捕获分子包含与所述衔接子的单链区域的至少一部分互补的两个序列。

7.权利要求2的方法，其中所述捕获分子包含与所述衔接子的单链区域和双链区域互补的两个序列。

8.权利要求3的方法，其中所述条形码是多重样品识别条形码。

9.权利要求3的方法，其中所述条形码是独特分子识别条形码。

10.权利要求1的方法，其中与所述衔接子的至少一部分互补的序列在所述捕获分子中彼此直径上相对的位置。

11.权利要求1的方法，其中所述捕获分子包含条形码。

12.权利要求1的方法，其中所述捕获分子包含引物结合位点。

13.权利要求1的方法，其中所述捕获分子包含用于被固体支持物捕获的结合部分。

14.对包含多种靶分子的样品中的靶核酸进行测序的方法，所述方法包括：

a.通过权利要求1-13任一项的方法从所述样品产生环状单链靶核酸分子的文库，其中所述衔接子进一步包含测序引物的结合位点；

b.使所述测序引物退火至所述结合位点；和

c.延伸所述测序引物，由此获得所述靶核酸的序列。

15.从包含多种双链靶核酸分子的样品制备环状单链靶核酸分子的文库的方法，所述方法包括：

a.将衔接子连接至所述双链靶核酸分子的每个末端，由此形成衔接子-连接的双链分子；

b.使所述衔接子-连接的双链分子变性，由此形成衔接子-连接的分子的两条链；

c.使捕获分子退火至所述衔接子-连接的分子的每条链，由此形成包含与在所述衔接子-连接的分子的链的5'-末端和3'-末端的衔接子序列杂交的捕获分子的杂合分子，其中所述捕获分子是环状单链核酸分子，其包含与所述衔接子的至少一部分互补的两个相邻序列；

d.连接与所述捕获分子上的相邻序列杂交的所述衔接子-连接的分子的链的5'-末端和3'-末端，由此形成包含所述捕获分子和所述衔接子-连接的分子的环化链的杂合分子；

e.将所述捕获分子与所述衔接子-连接的分子的环化链分离，由此形成环状单链靶核酸分子的文库。