[发明专利]基因型分型测定中的非独特条形码

权利要求书

1.用于分析核酸的方法，所述方法包括：

获得包含核酸片段的样本；

将非独特条形码组引入所述片段以生成基因组文库；

测序所述片段以产生序列读数；

比对所述序列读数；

识别片段末端的基因组位置；以及

识别存在于多个分子中的突变，通过非独特条形码和片段末端的基因组位置的组合进行确定。

2.权利要求1所述的方法，其中获得步骤包括获得血浆样本，并提取核酸。

3.权利要求1所述的方法，其中引入非独特条形码组包括末端修复、加A尾和衔接子连接。

4.权利要求1所述的方法，其中所述非独特条形码组由八个非独特条形码组组成。

5.权利要求1所述的方法，其中识别片段末端的基因组位置包括杂交捕获或全基因组测序。

6.权利要求1所述的方法，其中片段末端的基因组位置包含内源条形码。

7.权利要求5所述的方法，其中杂交捕获涉及充分表征的癌症基因组。

8.权利要求7所述的方法，其中所述癌症基因包括ABL1、AKT1、ALK、APC、AR、ATM、BCR、BRAF、CDH1、CDK4、CDK6、CDKN2A、CSF1R、CTNNB1、DNMT3A、EGFR、ERBB2、ERBB4、ESR1、EZH2、FBXW7、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FLT3、GNA11、GNAQ、GNAS、HNF1A、HRAS、IDH1、IDH2、JAK2、JAK3、KDR、KIT、KRAS、MAP2K1、MET、MLH1、MPL、MYC、NPM1、NRAS、NTRK1、PDGFRA、PDGFRB、PIK3CA、PIK3R1、PTEN、PTPN11、RARA、RB1、RET、ROS1、SMAD4、SMARCB1、SMO、SRC、STK11、TERT、TP53、和VHL。

9.权利要求1所述的方法，其中测序包括单末端测序或配对末端测序。

10.权利要求1所述的方法，其中测序包括冗余测序。

11.权利要求10所述的方法，进一步包括使用冗余序列读数来确定共有序列。

12.权利要求10所述的方法，其中以10x的深度进行冗余测序。

13.权利要求1所述的方法，其中基于使用非独特条形码和片段末端的基因组位置在DNA分子中检测的突变，所述片段末端的基因组位置在所述DNA分子的冗余序列读数的预定百分比上是相同的。

14.权利要求13所述的方法，其中所述预定百分比为90％。

15.权利要求1所述的方法，其中核酸包含无细胞DNA、循环肿瘤DNA、来自肿瘤的DNA、或RNA。

16.权利要求1所述的方法，其中所述条形码包含测序衔接子。

17.用于分子条形码化的方法，所述方法包括：

获得包含核酸片段的样本；

提供多个非独特条形码组；以及

用所述条形码标记所述核酸片段以生成基因组文库；

其中用与所述基因组文库中的另一不同核酸片段相同的条形码标记每个核酸片段。

18.权利要求17所述的方法，其中所述多个组由二十个或更少的独特条形码组成。

19.权利要求17所述的方法，其中所述多个组由十个或更少的独特条形码组成。