[发明专利]辨识转移性肿瘤的原发位置的方法及系统

说明书

本发明提供了一种方法用以产生候选探针和其使用方法。具体而言，所述候选探针可以与特定基因结合，并且进一步鉴定有此需要的受试者中转移性肿瘤的原发部位。简而言之，所述方法包含以下步骤：(a)使用芯片侦测具有已知原发位置的转移性肿瘤样本中的基因表现；(b)使用处理模块比较所述转移性肿瘤样本中的基因表现；(c)依据前述步骤的比较结果产生候选探针。而使用方法则包含以下步骤：(a’)使用前述候选探针以侦测具有未知原发位置的测试样本中相对应的基因表现；以及(b’)使用处理模块以预测测试样本的原发位置。此外，本发明还提供一个系统用以执行前述的方法，并且所述系统包含一个具有候选探针的矩阵的侦测芯片和一个处理模块。

技术领域

本发明揭示一种用以辨识转移性肿瘤的方法及系统，特别是一种用以辨识转移性肿瘤的原发位置的方法及系统。

背景技术

辨识出转移性肿瘤的原发位置是急迫性的，并且对于医生为患者开出适当的治疗方法也是必要的。然而，鉴别一些低度分化的癌症或所谓的“原发位置未明癌症”(Cancerof Unknown Primary,CUP)的原发位置有时是具有挑战性的。

对于难以根据现有技术确定原发部位的“原发位置未明癌症”，患者仍须透过额外的程序(例如：随机活检)以希望找到转移肿瘤的原发部位。然而，透过前述的程序或方法之后而鉴定出转移性肿瘤的原发部位的机会仍然是相当不乐观的。

因此，本发明希望提供一种方法以准确地和有效地鉴定出转移性肿瘤的原发位置。

发明内容

本发明提供一种方法通过产生复数候选探针来辨识一个哺乳动物中特定疾病、失调或基因症状的至少一个原发位置。所述方法包含以下步骤：步骤(a)为通过侦测芯片从一个患有特定疾病、失调或基因病变的受试者的标准样本中产生复数基因的表现；步骤(b)为比较所述复数基因的表现以产生比较结果；以及步骤(c)为转化出一个包含所述复数候选探针的矩阵。而其中，所述标准样本被诊断患有具有至少一个已知原发位置的转移性癌症。所述侦测芯片与所述处理模块彼此电连接。并且，所述复数候选探针可以结合至选自SEQID NO：1～695或SEQ ID NO：1～695的任一片段中的任一复数多核苷酸序列。

在本发明一实施例中，其中所述复数候选探针的数量为大约650个。

在本发明一实施例中，其中所述复数候选探针的数量为大约100个。

在本发明一实施例中，其中所述复数候选探针的数量为大约50个。

在本发明一实施例中，其中所述侦测芯片包含：微数组生物芯片、次世代定序仪、实时聚合酶链锁反应(Quantitative PCR)、磁珠系统。

在本发明优选实施例中，其中所述处理模块是中央处理器(CPU)。

在本发明优选实施例中，其中所述标准样本包含血液、血浆、血清、尿液、组织、细胞、器官、体液或上述任意的组合。

在本发明优选实施例中，其中所述特定疾病、失调或基因症状包含血液科恶性肿瘤(hematologic malignancies)或实质固体瘤(solidtumors)。

在本发明优选实施例中，其中所述复数候选探针的长度为至少20个核苷酸。

在本发明优选实施例中，其中所述复数候选探针为来自于表一的大约695基因，更佳为50个基因或更少。