[发明专利]用于微管蛋白β-3链(TUBB3)蛋白的SRM/MRM测定

说明书

本公开提供了特定肽，以及来自微管蛋白β‑3链蛋白(TUBB3)的肽的衍生电离特征，特别有利于通过选择反应监测(SRM)质谱在福尔马林中固定的生物样品中直接定量TUBB3蛋白。使用Liquid Tissue试剂和方案从生物样品制备蛋白质样品，并通过样品的SRM/MRM质谱分析对TUBB3蛋白进行定量，其中特定肽被定量。本公开提供了治疗方法，其中将患者肿瘤样品中TUBB3的测量水平与参考水平进行比较，并且当测量的TUBB3水平低于参考水平时，用基于紫杉烷的治疗方案治疗患者。合适的参考水平例如是约700amol/μg组织。

本申请要求于2016年9月7日提交的美国临时申请NO.62/384,202和于2016 年9月30日提交的62/402,984的优先权，二者标题均为用于微管蛋白β-3链 (TUBB3)蛋白的SRM/MRM测定，其全部内容通过引用整体并入本文。

背景技术

用一些治疗剂对癌症进行治疗，这些治疗剂以多种方式起作用以杀死正在生长和分裂的细胞。一组常见的化学治疗剂已经使用了数十年，无论是单独使用还是组合使用，并已成为临床肿瘤学实践中的传统和常规癌症治疗方法。这些药物通常通过杀死所有快速分裂的细胞而起作用，快速分裂是大多数癌细胞的主要特性之一。然而，这些试剂也杀死正在生长的正常细胞，因此并不被认为是杀死癌细胞的“靶向”方法。近年来，已经开发了大量癌症疗法，其特异性地仅针对癌细胞，其中治疗剂特异性攻击仅由癌细胞而非正常细胞表达的蛋白质。该方法被认为是癌症治疗的“靶向”方法。最近，另一种以“靶向”方式杀死癌细胞的方法是特异性调节免疫系统，以增强癌症患者免疫系统杀死癌细胞的能力。

靶向微管蛋白β-3链(“TUBB3”)的治疗剂在早期临床试验中显示出前景。然而，只有癌细胞表达大量TUBB3蛋白的患者最有可能从这些TUBB3靶向治疗剂的治疗中受益。本文描述的方法提供基于定量蛋白质组学的测定，其递送TUBB3 信号途径的活化的相关测量，这是因为TUBB3通常不在正常组织和/或正常上皮细胞中表达。特别地，该方法提供质谱测定，其定量来自癌症患者的福尔马林固定组织中的TUBB3，并且进一步使得能够改善癌症治疗的治疗决策。

提供了衍生自TUBB3的亚序列的特定肽。该肽的肽序列和片段化/跃迁离子(transition ion)可用于基于质谱的选择反应监测(SRM)测定，其也可称为多反应监测(MRM)测定，并且在本文中称为SRM/MRM。描述了该肽用于TUBB3蛋白的SRM/MRM定量分析的用途。

该SRM/MRM测定可用于测量来自TUBB3蛋白的特定肽的相对或绝对定量水平，并提供通过质谱测量从生物样品获得的给定蛋白质制剂中TUBB3蛋白的量的方法。

更具体地，SRM/MRM测定可以直接测量从患者组织样品(例如福尔马林固定的癌症患者组织)中获得的细胞制备的复杂蛋白质裂解物样品中的肽。从福尔马林固定的组织制备蛋白质样品的方法描述于美国专利No.7,473,532中，其内容通过引用整体并入本文。美国专利No.7,473,532中描述的方法可以方便地使用得自Expression Pathology Inc.(Rockville，MD)的Liquid Tissue试剂和方案进行。

来自癌症患者的组织的最广泛可用形式是福尔马林固定石蜡包埋的组织。手术切除的组织的甲醛/福尔马林固定是迄今为止全世界范围内保存癌组织样品的最常用方法，并且是标准病理学实践的公认惯例。甲醛水溶液称为福尔马林。“100％”福尔马林由在水中的饱和甲醛溶液(约40体积％或37质量％)组成，和少量稳定剂(通常为甲醇)以限制氧化和聚合度。保存组织的最常见方式是将整个组织长时间(8小时至48小时)浸泡在甲醛水溶液，通常称为10％中性缓冲福尔马林中，然后将固定的整个组织包埋在石蜡中，在室温下长期储存。因此，分析福尔马林固定癌组织的分子分析方法可用于分析癌症患者组织。