[发明专利]HIV临床计划

说明书

公开了一种针对用于治疗人类HIV的基因编辑或基因切除系统进行临床试验的方法，该方法通过以下进行：招募目前正在接受可有效降低病毒载量的高效抗逆转录病毒疗法(HAART)的HIV感染个体，在1a期、1b期和1c期向这些个体施用该基因编辑或基因切除系统治疗，并进行测定以证实从这些个体的细胞切除HIV病毒基因组。

技术领域

本发明涉及进行临床试验的方法，这些临床试验的目的是确定安全性和耐受性，同时获得作用机制的确认并进一步获得给药信息以指导后续临床试验的设计。更具体地，本发明涉及用基因疗法进行临床试验的方法。

背景技术

联邦药物管理局(FDA)要求有人类参与者的临床试验，以便其批准医学治疗的安全性和有效性。所有新药、生物制剂、基因疗法、膳食补充剂和医疗装置都需要临床试验。通常，首先进行小型试点研究，后续进行更大规模的研究。人类参与者通常患有一些新治疗旨在补救的医学病症。如果发现新治疗的益处大于风险，FDA将批准该新治疗用于其预期用途。

迄今为止，FDA尚未批准任何基因疗法，尽管许多基因疗法正在临床试验中进行研究。为了确定CRISPR是否能安全地用于人类，刚刚批准开始进行CRISPR-Cas9系统(成簇规则间隔短回文重复序列)的第一次临床试验。CRISPR-Cas9是源自微生物的基因编辑系统，其通过使用核酸酶可用于插入、缺失或以其他方式突变生物体的基因组。已经鉴定了三种类型(I-III)的CRISPR系统。CRISPR簇包含间隔子，即与先前的移动元件互补的序列。CRISPR簇被转录并加工成成熟的CRISPR(成簇规则间隔短回文重复序列)RNA(crRNA)。CRISPR相关内切核酸酶Cas9属于II型CRISPR/Cas系统，并具有强的允许切割靶DNA的内切核酸酶活性。Cas9由成熟的crRNA(其包含约20个碱基对(bp)的独特靶序列(称为间隔子))和反式激活的小RNA(tracrRNA)(其可用作前crRNA的核糖核酸酶III辅助的加工的指导)指导。crRNA:tracrRNA双链体通过crRNA上的间隔子和靶DNA上的互补序列(称为原型间隔子)之间的互补碱基配对，指导Cas9靶向DNA。Cas9识别三核苷酸(NGG)原型间隔子相邻基序(PAM)以指定切割位点(来自PAM的第3核苷酸)。crRNA和tracrRNA可以单独表达或可以通过合成的茎环(AGAAAU)工程化到人工融合小指导RNA(sgRNA)中以模拟天然crRNA/tracrRNA双链体。这种sgRNA，如shRNA，可被合成或可被体外转录用于直接RNA转染或者可从U6或H1促进的RNA表达载体表达，尽管人工sgRNA的切割效率低于具有单独表达的crRNA和tracrRNA的系统的切割效率。其他追求CRISPR和CRISPR类技术的公司，包括CRISPR公司(CRISPR Inc.)(瑞士巴塞尔(Basel,Switzerland))、爱迪塔斯公司(Editas)(马萨诸塞州坎布里奇(Cambridge MA))和卡里布公司(Caribou)(加利福尼亚州伯克利(BerkeleyCA))，正在利用这些技术创造特异性基因编辑或阻断基因表达而不是使病毒基因组的大区段缺失。

CRISPR可以通过灭活病毒或通过从宿主的DNA中使病毒基因组缺失来用于治疗许多不同的病毒。例如，Khalili等人的美国专利申请号14/838,057公开了一种使整合到被逆转录病毒潜伏感染的宿主细胞的基因组中的前病毒DNA失活的方法，该方法包括以下步骤：用包含规律间隔成簇短回文重复序列(CRISPR)相关内切核酸酶和两种或更多种不同指导RNA(gRNA)的组合物处理该宿主细胞，其中至少两种gRNA中的每一种与该前病毒DNA的长末端重复序列(LTR)中的不同靶核酸序列互补；并使该前病毒DNA失活。优选地，被灭活的前病毒DNA是人免疫缺陷病毒(HIV)。

仍然需要针对CRISPR基因编辑系统(尤其是作为对HIV的治疗)的临床试验设计。

发明内容