[发明专利]核糖核酸(RNA)相互作用

权利要求书

1.一种分析核糖核酸-核糖核酸(RNA-RNA)相互作用的方法，所述方法包括：

a.使用生物素标记的可逆交联剂使至少一个RNA分子和/或至少一对RNA分子的碱基配对核苷酸交联，以产生至少一个交联的RNA分子和/或至少一个交联的RNA分子对；

b.将所述交联的RNA分子和/或交联的RNA分子对片段化以产生交联的RNA分子和/或交联的RNA分子对的多个片段；

c.使用所述生物素提取从前述步骤获得所述交联的RNA分子和/或所述交联的RNA分子对；

d.连接一个或多个所述交联的RNA片段，以产生一个或多个交联连接的RNA嵌合体；

e.逆转所述剂与所述RNA分子和/或RNA分子对的交联，以产生一个或多个连接的RNA嵌合体分子和/或一个或多个连接的RNA嵌合体对；

f.通过对所述一个或多个连接的RNA嵌合体分子或所述一个或多个连接的RNA嵌合体对测序来制备序列文库；以及

g.分析所述序列文库以确定RNA-RNA相互作用。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述RNA存在于细胞中，并且使用所述生物素标记的可逆交联剂的所述交联涉及使用细胞摄取剂。

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述细胞摄取剂包括去垢剂。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中c部分在b部分之前进行。

5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述交联剂包括呋喃并香豆素化合物。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述交联剂包括补骨脂素。

7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述交联剂的所述生物素包括结合对的第一构件，所述结合对选自生物素/抗生蛋白链菌素。

8.根据权利要求1-7中任一项的方法，其中使一个或多个所述RNA分子与交联剂交联以产生一个或多个交联的RNA分子的步骤使用波长在约300nm至约400nm范围内的紫外线照射进行。

9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法，其中逆转一个或多个交联连接的RNA分子的交联的步骤使用波长在约200nm至不超过约300nm范围内的紫外线照射进行。

10.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其中通过对所述连接的RNA嵌合体分子或连接的RNA嵌合体对测序来制备序列文库的步骤包括下列中的至少一种或更多种的使用：衔接子连接、逆转录、cDNA环化或聚合酶链反应(PCR)。

11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中将所述交联的RNA分子和/或交联的RNA分子对片段化以产生多个片段的步骤包括产生在长度上具有在100个至500个碱基对范围内的平均尺寸的片段。

12.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中使用的交联剂的浓度为在每150个碱基中的一个碱基处发生交联。

13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中连续的成对相互作用或由少于50个碱基间隔的成对相互作用被去除，以将分析集中在长程分子内相互作用和分子间相互作用上。

14.根据权利要求1-13中任一项所述的方法，其中所述RNA分子和/或所述RNA分子对中的至少一个构件被归于一个“环化评分”，所述“环化评分”被定义为每个分子内的平均碱基对相互作用距离，通过所述RNA分子的长度或所述RNA分子对的所述构件的长度归一化。

15.根据权利要求14所述的方法，其中所述RNA分子和/或所述RNA分子对的所述至少一个构件根据所述RNA分子和/或所述RNA分子对的所述至少一个构件的“环化评分”被分为组。