[发明专利]检测鼠伤寒沙门氏菌的方法

说明书

本文提供了用于检测样品中鼠伤寒沙门氏菌的方法和组合物。

相关申请的交叉引用

本申请要求2016年6月16日提交的美国申请62/351,130的权益，该申请通过引用整体并入本文。

序列表

本申请包含以所附电子提交的序列表，并通过引用全文纳入本文。2017年6月7日创建的ASCII副本命名为1050901_SEQ_ST25.txt，大小为5,026字节。

背景

沙门氏菌是全球食源性疾病的主要病因，家禽和猪肉产品是人类感染的主要来源。检测沙门氏菌可能具有挑战性，因为使用传统培养技术可能无法回收低水平的细菌。沙门氏菌属是肠杆菌科的成员，包括肠沙门氏菌(Salmonella enterica)和乍得沙门氏菌(Salmonella bongori)两个物种。肠沙门氏菌进一步分为六个亚种，其中肠沙门氏菌肠亚种(S.enterica subsp.enterica)是临床上最重要的，导致99％的沙门氏菌感染。亚种进一步细分为由体细胞和鞭毛抗原定义的超过2500种血清型。肠沙门氏菌肠亚种鼠伤寒血清型(Salmonella enterica subsp.enterica serovar Typhimurium)和肠沙门氏菌肠亚种肠炎血清型(Salmonella enterica subsp.enterica serovar Enteritidis)是最常报道的与来自食源性爆发的人类沙门氏菌感染病例相关的血清型。在欧盟，自2003年起实施的一项法规规定了对沙门氏菌的强制检测。2011年，该法规补充了对肠炎沙门氏菌(S.Enteritidis)和鼠伤寒沙门氏菌(S.Typhimurium)的强制性检测。根据委员会法规(EU)第1086/2011号，必须检查所有新鲜家禽的肠炎沙门氏菌和鼠伤寒沙门氏菌污染。在美国，美国食品和药物管理局(FDA)发布了“在生产，储存和运输过程中预防壳蛋中肠炎沙门氏菌”的最终规定(74FR 33030)，该规定将引入要求鸡蛋生产商检测肠炎沙门氏菌的方法。对于非鸡蛋生产者，FDA还出版了用于针对沙门氏菌测试人类食品的指导文件：“工业指南：人类食品和直接人类接触动物食品中沙门氏菌的检测”。

用于检测和鉴定沙门氏菌血清型的常规微生物方法非常耗时。根据ISO 6579，目前公认的从食品和环境初级生产样品中分离沙门氏菌的方法需要多达5天。用于表征沙门氏菌到其亚种的最广泛使用的方法是Kauffman-White血清分型系统，基于O，H和Vi抗原的变化。

发明内容

本文描述了用于检测鼠伤寒沙门氏菌的方法和组合物。

在一个实施方式中，选择性检测样品中鼠伤寒沙门氏菌的存在的方法包括(a)提供包含合适引物对的反应混合物，用于扩增鼠伤寒沙门氏菌登录号CP007235的残基749至2136(1388bp)(SEQ ID NO：1)或其部分；(b)使用步骤(a)的反应混合物进行对样品核酸的PCR扩增；和(c)通过检测扩增的核酸选择性地检测鼠伤寒沙门氏菌的存在。在一些实施方式中，步骤(b)在分区中进行。在一些实施方式中，检测鼠伤寒沙门氏菌的存在包括对扩增的核酸进行测序。

在一些实施方式中，反应混合物包含引物对，用于扩增与SEQ ID NO：1或其部分95％，97％或99％同源的序列。在某些实施方式中，反应混合物包含用于扩增鼠伤寒沙门氏菌登录号CP007235的残基749至1697(947bp)(SEQ ID NO：2)或其部分的引物对。在一些实施方式中，反应混合物包含引物对，用于扩增与SEQ ID NO：2或其部分95％，97％或99％同源的序列。在某些实施方式中，反应混合物包含用于扩增鼠伤寒沙门氏菌登录号CP007235的残基755至1063(309bp)(SEQ ID NO：3)或其部分的引物对。在一些实施方式中，反应混合物包含引物对，用于扩增与SEQ ID NO：3或其部分95％，97％或99％同源的序列。