[发明专利]HLA-C全长基因分型试剂盒

说明书

本发明公开了一种HLA‑C全长基因分型试剂盒，包括HLA‑C基因特异性PCR扩增引物和基因外显子测序引物；HLA‑C基因特异性PCR扩增引物如SEQ ID NO.1～2所示；基因外显子测序引物包括HLA‑C基因的1、2、3、4、5、6号外显子的测序引物，如SEQ ID NO.3～12所示。一种进行HLA基因分型的方法：提取样本DNA；利用扩增引物进行扩增，利用基因外显子测序引物进行测序，并与标准序列进行对比，确定HLA基因的型别。本发明的方法能大大提高配型效果，还可发现新的等位基因，在检测通量、数据质量、成本控制等方面都有质的飞跃。该试剂盒适用于一代Sanger测序平台，还兼容二代测序平台和三代测序平台。

技术领域

本发明涉及一种基因的特异性引物及利用该引物进行基因分型的方法和试剂盒，特别是 涉及一种HLA(人类白细胞抗原)基因C位点全长特异性引物及利用该引物进行HLA分型的方 法和试剂盒。

背景技术

人类白细胞抗原(HLA)基因位于人类第6号染色体短臂，是目前发现的人体多态性最高的 基因。HLA基因分成三类：I类、II类和III类基因。

HLA系统是目前所知人体最复杂的多态系统。自1958年发现(Jean Dausset)第一个HLA 抗原，到20世纪70年代，HLA便成为免疫遗传学、免疫生物学和生物化学等学科的一个重 要新兴研究领域。现在，已基本弄清其系统的组成、结构和功能，闸明了其理化性质和生物 学作用。这些研究成果不仅具有重要的理论意义，而且具有巨大的生物医学价值。

随着医学的发展，像白血病、地中海贫血等能用最新的基因技术进行分型检测，再寻找 合适的供体进行移植治疗。目前通过HLA高分辨分型的外周血干细胞移植技术能大大提高配 型效果，使患者的康复更快，更有保征。

目前国际上对HLA-C基因分型的方法有PCR-SSP(序列特异引物聚合酶链式反应)，PCR-SSO(聚合酶链式反应寡核苷酸探针杂交)以及PCR-SBT(聚合链式反应产物直接测序分型)。其中，SSP法需要设计出一整套基因特异性引物，通过PCR技术获得特异性产物，通过电泳分析决定HLA-C基因型别；其缺点是不易、不能检测新的等位基因；试剂盒需不断升级；检测的信号也只说模拟的信号，不直观可靠。SSO法的原理设计HLA基因型别特异的寡核苷酸序列作为探针，对PCR产物进行标记，以PCR产物与探针进行杂交；通过检测信号判断HLA-C 基因型别；但该方法的缺点是不能检测新的等位基因，分辨率不高，检测信号为模拟信号。 SBT法是一种通过对扩增后的DNA进行核酸序列测序，从而判断HLA-C基因型别的方法；该 方法是一种最直观、最准确的方法，可广泛用于HLA-C基因的高分辨分型检测，但是该方法 对扩增过程的引物序列要求很高，引物序列直接关系到整个型别的确定，一对好的特异性引 物是该方法成功的关键。

因此，为改变目前落后的HLA-C基因分型方法，需研发一种更加有效，且在检测通量、 数据质量、成本控制等方面，更有优势的方法。

发明内容

针对上述现有技术，本发明提供了一种HLA-C基因特异性PCR扩增引物，及利用该引物 进行HLA-C分型的方法和试剂盒。利用该试剂盒，能快速、简便地确定HLA-C基因分型。通 过本发明的HLA-C分型方法能大大提高配型效果，使患者的康复更快，更有保征。由于该方 法应用测序技术，只需通过一次实验就能够确定HLA分型，并一次性达到HLA分型的最高分 辨率，同时，还可发现新的等位基因，在检测通量、数据质量、成本控制等方面都有质的飞 跃。该试剂盒不仅适用于一代Sanger测序平台，还兼容二代测序平台(Illumina miseq，miniseq，hiseq及Ion Proton，Ion S5)和三代测序平台(PacBio Sequel)。

本发明是通过以下技术方案实现的：

一种HLA-C全长基因分型试剂盒，包括HLA-C基因特异性PCR扩增引物和基因外显子测 序引物；