[发明专利]构建皮肤相关基因标准型别数据库的方法及应用

权利要求书

1.构建皮肤相关基因标准型别数据库的方法，其特征在于，包含下述步骤：

(1)提取样本基因组DNA，进行基因测序，得到样本基因测序数据；

(2)对所述基因测序数据进行数据分析，得到样本基因型数据；

(3)整理公共基因数据库中皮肤相关基因位点，并对所述皮肤相关基因位点进行权重分配，得到皮肤相关基因位点的权重分配数据；

(4)将所述样本基因型数据与所述皮肤相关基因位点的权重分配数据进行比对，得到样本特有的皮肤相关基因信息；

(5)根据所述样本特有的皮肤相关基因信息建立打分模型，对基因位点突变导致的表型发生的概率进行打分，得到基因位点突变导致的表型发生的概率分值；

(6)以所述样本基因型数据、所述样本特有的皮肤相关基因信息和所述基因位点突变导致的表型发生的概率分值，构建皮肤相关基因标准型别数据库。

2.根据权利要求1所述的构建皮肤相关基因标准型别数据库的方法，其特征在于，步骤(1)中，对所述样本基因组DNA进行测序的方法为SNP芯片测序。

3.根据权利要求1所述的构建皮肤相关基因标准型别数据库的方法，其特征在于，步骤(2)中，对所述基因测序数据进行数据分析的方法包括：

(i)将所述基因测序数据导入BeadStudio芯片数据分析软件进行分析，得到样本的SNP分型数据；

(ii)对所述样本的SNP分型数据进行过滤，去除低质量数据；

(iii)进行数据质控，保证SNP位点检出率大于90％。

4.根据权利要求1所述的构建皮肤相关基因标准型别数据库的方法，其特征在于，步骤(3)中所述的公共基因数据库包括SNPedia、dbSNP、ClinVar、1000G、HGMD、OMIM、dbGaP中的至少一种；所述皮肤相关基因位点包含选自C10orf71、FADS1、FADS2、FTH1、IL23R、JMJD1C、MC4R、PDXDC1、HLA-C、IL10、IL13、IL-18R、LOC643723、SELL、TRA、B4GALT1、BACH2、EXOC2、FUT8、GRM5、HERC2、IKZF1基因的至少一种。

5.根据权利要求4所述的构建皮肤相关基因标准型别数据库的方法，其特征在于，步骤(3)中，对皮肤相关基因位点进行权重分配时的影响因素至少包含如下所述中的一种或几种：

(a)所述位点是否有全基因组关联分析分类数据库重复实验；

(b)所述位点是否与皮肤表观症状具有直接性状关联；

(c)所述位点是否有湿实验位点验证；

(d)所述位点所属个体的种族；

(e)所述位点的皮肤相关论文发表的影响因子。

6.根据权利要求1所述的构建皮肤相关基因标准型别数据库的方法，其特征在于，步骤(5)中，根据所述样本特有的皮肤相关基因信息建立打分模型的方法包括：单个位点突变算法模型和多个位点突变算法模型。

7.根据权利要求6所述的构建皮肤相关基因标准型别数据库的方法，其特征在于，所述单个位点突变算法模型为：

Pr(D)＝Pr(D|G₁)Pr(G₁)+Pr(D|G₂)Pr(G₂)+Pr(D|G₃)Pr(G₃)

其中，Pr(D)为单个位点突变导致的表型发生的概率；OR为比值比；Pr(G)为基因型频率；G1\G2\G3分别为三种基因型。

8.根据权利要求6所述的构建皮肤相关基因标准型别数据库的方法，其特征在于，所述多个位点突变算法模型为：

其中，OR*m代表单个SNP的特定基因型的OR值，综合所有的突变位点计算出ORc*值；ORc*值为带有某些特定基因型组合表型特征的个体，其表型相较于该个体所在种群平均表型的比值，odds(D)通过Pr(D)求出；

即为多个位点突变导致的表型发生的概率。