[发明专利]一种检测核苷酸特异性和/或非特异性吸附的方法

说明书

一种检测核苷酸特异性和/或非特异性吸附的方法，包括：使待测核苷酸与第一模板链反应，第一模板链与第一芯片上的探针连接，待测核苷酸能够与第一模板链的相应碱基配对而使探针延伸一个碱基，第一模板链和待测核苷酸带有产生不同信号的标记；检测第一芯片上的信号，获得第一检测结果；使待测核苷酸与第二模板链反应，第二模板链与第二芯片上的探针连接，第二模板链和待测核苷酸带有不同标记，待测核苷酸与第二模板链的相应碱基不能配对；检测第二芯片上的信号，获得第二检测结果；基于上述检测结果，检测待测核苷酸的特异性和/或非特异性吸附。本方法能够对核苷酸与基底表面或其上探针的特异性和/或非特异性吸附进行检测，用于芯片生产质控。

技术领域

本发明涉及核酸检测领域，具体涉及一种检测核苷酸特异性和/或非特异性吸附的方法。

背景技术

在芯片上进行核酸检测，例如利用表面固定有探针的芯片捕获核酸以及进一步对捕获得的核酸进行分析检测，包括序列测定、信息分析等，芯片表面和/或其上的探针/核酸复合物对反应底物(例如测序反应中加入的核苷类似物)的非特异性吸附，会影响获得的有效数据量以及检测结果的准确性。对非特异性吸附情况的定性或定量检测，能够判定芯片的质量以及用于检测结果预测等。

例如在目前的核酸测序中，特别是利用芯片的基因测序中，在芯片上存在底物核苷酸(Terminator)的非特异性吸附，包括芯片表面对底物核苷酸的非特异性吸附和芯片表面上的探针/探针复合物对核苷酸的非特异性吸附。这些非特异性吸附会造成测序结果错误率增加、测序通量和/或测序质量下降等。

另外，核苷酸包括核苷酸类似物，不同的核苷酸类似物对芯片表面、探针/核酸复合物的非特异性吸附能力可能不同。例如，在芯片上进行核酸序列测定，底物即生化反应中加入的核苷酸类似物的分子大小、结构以及在反应体系中的电荷性质等，影响底物与芯片和/或核酸复合物的结合/吸附。

因此，检测这些非特异性吸附情况，对于核苷酸包括核苷酸类似物的结构设计、制备生产，芯片生产，利用芯片进行核酸序列检测等领域具有重要意义。

发明内容

本发明实施例旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一或者至少提供一种有用的商业选择。为此，本发明提供一种检测核苷酸特异性和/或非特异性吸附的方法。

根据第一方面，提供一种检测核苷酸特异性和/或非特异性吸附的方法，该方法包括：使待测核苷酸与第一模板链反应，该第一模板链与第一芯片上的探针连接，该第一芯片包括基底表面以及一端固定在该基底表面的探针，第一模板链带有第一标记，待测核苷酸能够与第一模板链的相应碱基配对，从而使探针的另一端延伸一个碱基，待测核苷酸带有第二标记，第一标记能够产生第一信号，第二标记能够产生第二信号；检测第一芯片上的信号，获得第一检测结果；使待测核苷酸与第二模板链反应，该第二模板链与第二芯片上的探针连接，该第二芯片包括基底表面以及一端固定在该基底表面的探针，第二模板链带有第一标记，待测核苷酸与第二模板链的相应碱基不能配对，无法使探针的另一端延伸一个碱基；检测第二芯片上的信号，获得第二检测结果；基于第一检测结果和第二检测结果，检测待测核苷酸的特异性和/或非特异性吸附。

根据第二方面，提供一种检测核苷酸非特异性吸附的方法，该方法包括：使待测核苷酸与第三模板链反应，该第三模板链与第三芯片上的探针连接，该第三芯片包括基底表面以及一端固定在该基底表面的探针，第三模板链带有第三标记，待测核苷酸与第三模板链的相应碱基不能配对，无法使探针的另一端延伸一个碱基，待测核苷酸带有第四标记，第三标记能够产生第三信号，第四标记能够产生第四信号；检测第三芯片上的信号，获得第三检测结果；使待测核苷酸与第四模板链反应，该第四模板链与第四芯片连接，第四芯片包括不带探针的基底表面，第四模板链带有第三标记，待测核苷酸能够与第四模板链的相应碱基配对；检测第四芯片上的信号，获得第四检测结果；基于第三检测结果和第四检测结果，检测待测核苷酸的非特异性吸附。