[发明专利]一种鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区2通用引物及设计和扩增方法有效
| 申请号: | 201711161133.7 | 申请日: | 2017-11-20 |
| 公开(公告)号: | CN107858350B | 公开(公告)日: | 2021-06-18 |
| 发明(设计)人: | 龚理;孔晓瑜;时伟 | 申请(专利权)人: | 浙江海洋大学 |
| 主分类号: | C12N15/11 | 分类号: | C12N15/11;C12Q1/6888 |
| 代理公司: | 杭州杭诚专利事务所有限公司 33109 | 代理人: | 尉伟敏 |
| 地址: | 316022 浙江省*** | 国省代码: | 浙江;33 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 鲽形目鳎科 鱼类 核糖 体内 转录 间隔 通用 引物 设计 扩增 方法 | ||
1.通用引物在扩增鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区2中的应用,其特征在于,所述通用引物包括:正向引物SEQ ID NO.1:5' - DACAACTCTTAGCGGTGGATCA - 3',反向引物SEQID NO.2:5' - GCTCTTCCCTCTTCACTCG - 3'。
2.根据权利要求1所述的通用引物在扩增鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区2中的应用,其特征在于,所述鲽形目鳎科鱼类包括但不限于:蛾眉条鳎、缨鳞条鳎、带纹条鳎、日本条鳎、东方箬鳎、眼斑豹鳎、圆鳞鳎、褐斑栉鳞鳎、角鳎、卵鳎、塞内加尔鳎和卡氏大鼻鳎。
3.一种如权利要求1所述的鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区2通用引物的设计方法,其特征在于,从Genbank数据库中下载目前所有已经公布的鳎科鱼类5.8S rDNA和28SrDNA序列,对这些序列进行多重比对,分别在3’端和5’端找出比较保守的序列用于设计扩增ITS2的通用引物。
4.一种如权利要求1所述的鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区2通用引物的扩增方法,其特征在于,所述鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区2通用引物的扩增方法包括以下步骤:
(1)DNA抽提试剂盒法提取鲽形目鳎科鱼类的总DNA;
(2)采用权利要求1中所述的鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区2通用引物;
(3)以待测鲽形目鳎科鱼类的总DNA作为模版,进行PCR扩增;
(4)扩增引物用1.0%琼脂糖凝胶电泳,试剂盒法割胶回收扩增片段,测序及序列拼接。
5.根据权利要求4所述的一种鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区2通用引物的扩增方法,其特征在于,所述步骤(1)中为避免鲽形目鳎科鱼类肠道内容物污染,舍去其头颈部,只从其尾部提取DNA。
6.根据权利要求4所述的一种鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区2通用引物的扩增方法,其特征在于,步骤(3)所述PCR扩增的反应体系组成为:2.5mM的dNTP2μL、10×TaqDNA聚合酶Buffer2.5μL、10μM的正向引物SEQ ID NO.1和反向引物SEQ ID NO.2各1μL、5U/μL的TaqDNA聚合酶0.2μL、100g/μL的DNA模版溶液1μL及灭菌双蒸水17.3μL;
所述PCR扩增条件为:95℃预变性5min,随后95℃变性30s,56℃退火30s,72℃延伸60s,共进行35个循环,最后进行72℃延伸5min,4℃条件下保存。
7.根据权利要求4所述的一种鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区2通用引物的扩增方法,其特征在于,所述待测的鲽形目鳎科鱼类包括但不限于:蛾眉条鳎、缨鳞条鳎、带纹条鳎、日本条鳎、东方箬鳎、眼斑豹鳎、圆鳞鳎、褐斑栉鳞鳎、角鳎、卵鳎、塞内加尔鳎和卡氏大鼻鳎。
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