[发明专利]一组多梳蛋白靶基因及其筛选方法和应用在审
申请号: | 201711127622.0 | 申请日: | 2017-11-15 |
公开(公告)号: | CN107868788A | 公开(公告)日: | 2018-04-03 |
发明(设计)人: | 谢浩;方明;廖艳林;王明滢;陈萌萌 | 申请(专利权)人: | 东南大学 |
主分类号: | C12N15/12 | 分类号: | C12N15/12;C12Q1/6886;G06F19/20 |
代理公司: | 南京经纬专利商标代理有限公司32200 | 代理人: | 黄欣 |
地址: | 210096 *** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一组 蛋白 基因 及其 筛选 方法 应用 | ||
1.一组多梳蛋白靶基因,其特征在于:包括ococ、nub、iab-4、btd、opa、grn、retn、Dll、unpg、mab-21、Kr、disco-r、so、E5、ap、drm、dac、ems、slp2、Vsx1、Ptx1、Oaz、Lim1、Vsx2、dve、rpr、pdm2、lab、pros、wg、peb、Sox100B、tsh、kn、CG14762、Drl-2、CG31778、CG8157、Psc、Sox102F、CG13321、ss、Su(z)2、KP78a、GATAe、klu、KP78b、gsb-n、D、slgA、elB、lz、zfh2、Apt、bab2、CG32121、SoxN、CG10357、Hexo2、mirr、Ama、Zasp52、modSP、fkh、tio、CG33465、CG5613、CG9328、Sr-CIV、Antp、abd-A、Abd-B、bi、svp、disco、Ubx、cad、salm、vvl、pnr、vg、hth、unc-4、trh、H15、Dfd、Rh5、eya。
2.权利要求1所述的多梳蛋白靶基因的筛选方法,其特征在于:包括以下步骤:
步骤1,在ModENCODE数据库中以“Polycomb group proteins”为关键词检索PcG结合相关的ChIP-seq数据;
步骤2,采用果蝇的Kc167细胞对PcG RNAi之后全基因的表达量进行分析得到RNA-seq数据,再用R语言进行可视化分析,基因表达上调两倍、且P≤0.05,得到PcG target genes;
步骤3,将步骤1获取的基因与步骤2获取的基因取交集,获得PcG靶基因。
3.一种癌症辅助诊断和/或预后判断的试剂盒,其特征在于:包括权利要求1所述的多梳蛋白靶基因。
4.根据权利要求3所述的癌症辅助诊断和/或预后判断的试剂盒,其特征在于:还包括有用于扩增上述多梳蛋白靶基因的引物对。
5.权利要求3所述的试剂盒在预测癌基因中的应用,其特征在于:对受试者的病理标本进行权利要求1所述的多梳蛋白靶基因表达水平的检测,基于基因表达水平进行分析评估。
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