[发明专利]一组多梳蛋白靶基因及其筛选方法和应用在审

专利信息
申请号: 201711127622.0 申请日: 2017-11-15
公开(公告)号: CN107868788A 公开(公告)日: 2018-04-03
发明(设计)人: 谢浩;方明;廖艳林;王明滢;陈萌萌 申请(专利权)人: 东南大学
主分类号: C12N15/12 分类号: C12N15/12;C12Q1/6886;G06F19/20
代理公司: 南京经纬专利商标代理有限公司32200 代理人: 黄欣
地址: 210096 *** 国省代码: 江苏;32
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摘要:
搜索关键词: 一组 蛋白 基因 及其 筛选 方法 应用
【权利要求书】:

1.一组多梳蛋白靶基因,其特征在于:包括ococ、nub、iab-4、btd、opa、grn、retn、Dll、unpg、mab-21、Kr、disco-r、so、E5、ap、drm、dac、ems、slp2、Vsx1、Ptx1、Oaz、Lim1、Vsx2、dve、rpr、pdm2、lab、pros、wg、peb、Sox100B、tsh、kn、CG14762、Drl-2、CG31778、CG8157、Psc、Sox102F、CG13321、ss、Su(z)2、KP78a、GATAe、klu、KP78b、gsb-n、D、slgA、elB、lz、zfh2、Apt、bab2、CG32121、SoxN、CG10357、Hexo2、mirr、Ama、Zasp52、modSP、fkh、tio、CG33465、CG5613、CG9328、Sr-CIV、Antp、abd-A、Abd-B、bi、svp、disco、Ubx、cad、salm、vvl、pnr、vg、hth、unc-4、trh、H15、Dfd、Rh5、eya。

2.权利要求1所述的多梳蛋白靶基因的筛选方法,其特征在于:包括以下步骤:

步骤1,在ModENCODE数据库中以“Polycomb group proteins”为关键词检索PcG结合相关的ChIP-seq数据;

步骤2,采用果蝇的Kc167细胞对PcG RNAi之后全基因的表达量进行分析得到RNA-seq数据,再用R语言进行可视化分析,基因表达上调两倍、且P≤0.05,得到PcG target genes;

步骤3,将步骤1获取的基因与步骤2获取的基因取交集,获得PcG靶基因。

3.一种癌症辅助诊断和/或预后判断的试剂盒,其特征在于:包括权利要求1所述的多梳蛋白靶基因。

4.根据权利要求3所述的癌症辅助诊断和/或预后判断的试剂盒,其特征在于:还包括有用于扩增上述多梳蛋白靶基因的引物对。

5.权利要求3所述的试剂盒在预测癌基因中的应用,其特征在于:对受试者的病理标本进行权利要求1所述的多梳蛋白靶基因表达水平的检测,基于基因表达水平进行分析评估。

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