[发明专利]一种检测甲氨蝶呤疗效的SNP位点基因型的方法及试剂盒

说明书

一种检测甲氨蝶呤疗效的SNP位点基因型的方法及试剂盒,本发明涉及分子生物学和医学领域，本试剂盒针对人类基因组DNA中甲氨蝶呤疗效及毒副作用风险的3个SNP位点，设计特异性引物和野生型/突变型探针，与带有特异报告探针的MagPlex‑TAG磁珠进行杂交反应，通过显色反应在luminex 200仪器上进行检测。通过对信号值的读取判读各个SNP位点的碱基型别进行判定。本发明的有益效果在于：针对类风湿关节炎患者服用甲氨蝶呤疗效及毒副作用风险相关的3个SNP位点设计特异引物和探针，可分型检测3个SNP位点的型别。本发明提供的检测试剂盒可以灵敏、快速低检测人全血样本中3个SNP型别，可为甲氨蝶呤用药疗效及毒副作用风险预测提供可靠的实验证据，指导临床治疗选择。

技术领域

本发明涉及分子生物学和医学领域，更具体的，本发明涉及一种检测甲氨蝶呤疗效的SNP位点基因型的方法及试剂盒，通过同时检测甲氨蝶呤疗效性及毒副作用风险密切相关的ABCB1基因、MTHFR基因的单核苷酸多态性位点(SNP)基因型来评估甲氨蝶呤在类风湿关节炎及其他疾病使用中的有效性及毒副作用风险。

背景技术

类风湿关节炎(RA)是一类以关节炎为主要临床表现的系统性自身免疫病，影响世界上0.5％-1.0％的人群，中国发病率约为0.3％，其基本病理特点是血管炎和滑膜炎。关节内滑模血管增生，形成血管翳，导致滑膜增厚，分泌多种细胞因子，侵犯软骨并引起骨质损害，对其周围的肌腔、韧带、腱鞘以及肌肉等组织也均可侵蚀，从而影响关节的稳定，容易发生关节畸形而出现功能障碍。

甲氨蝶呤(methotrexate,MTX)是类风湿关节炎治疗中应用最广泛的改善病情抗风湿药。低剂量MTX治疗RA的主要障碍是它的无效性和/或毒性，约30％的RA患者对MTX治疗反应不佳，10％-30％的病人因不良反应而中止治疗。研究发现ABCB1的C3435T(rs1045642)多态性、MTHFR基因C677T(rs1801133)和1298C(rs1801131)多态性对RA患者使用MTX治疗的有效性或毒性反应相关。使用MTX的不良反应包括胃肠反应、骨髓抑制、肝功能损害、肺肝纤维化、感染等，目前对这些位点的检测仍未推广到RA患者使用MTX治疗的检测中。

ATP结合盒亚家族B成员1(ATP-binding cassette subfamily B member 1,ABCB1)，位于人类染色体7q21.1，编码P-糖蛋白。ABCB1基因C3435T(rs1045642)有TT纯和突变型，CT杂合突变型，CC野生基因型。中国汉族人群TT基因型约占32％。研究发现，RA患者ABCB1的C3435T基因的多态性和MTX的疗效相关。Takatori等的研究提示携带3435TT基因型的患者对MTX治疗无效的风险比3435CC基因型高。ABCB1的C3435T多态性增加了MTX治疗毒性的风险。携带至少一个3435T基因有高的MTX总的毒性风险，特别是肝毒性。