[发明专利]一种基于猪SINE转座子插入多态性研发新型分子标记的方法

说明书

本发明涉及分子生物学和生物信息学领域，具体涉及一种基于猪SINE转座子插入多态性研发新型分子标记的方法。该方法是利用SINE的核苷酸序列作为查询序列，在猪公开的基因组寻找插入位点；根据寻找到的每个插入位点，分别向上、下游延伸300‑500个核苷酸序列，下载每条序列；将获得的序列去除冗余；根据获得的序列信息设计检测引物；利用所得的待验证分子标记引物PCR扩增不同品种，或同一品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。本发明方法可以为猪的品系鉴定，育种中的标记辅助选择提供有用的分子标记。

技术领域

本发明涉及分子生物学和生物信息学领域，具体涉及一种基于猪SINE转座子插入多态性研发新型分子标记的方法。

背景技术

DNA分子标记技术是一种以基因组DNA多态性为基础的新型遗传标记技术，是遗传变异在DNA水平上的直接反映。相对于形态学标记、生物化学标记、细胞学标记，DNA分子标记具有的优越性有：大多数分子标记为共显性，对隐性的性状的选择十分便利；基因组变异极其丰富，分子标记的数量几乎是无限的；在生物发育的不同阶段，不同组织的DNA都可用于标记分析；分子标记揭示来自DNA的变异；表现为中性，不影响目标性状的表达，与不良性状无连锁；检测手段简单、迅速。

DNA分子标记技术记过历年来的发展，主要有以下几种标记，第一代分子标记技术：限制性片段长度多态性(RFLP)标记技术，优点：RFLP标记的等位基因具有共显性的特点，结果稳定可靠，重复性好，特别适应于构建遗传连锁图。缺点：在进行RFLP分析时，需要该位点的DNA片段做探针，用放射性同位素及核酸杂交技术，既不安全又不易自动化。另外，RFLP对DNA多态性检出的灵敏度不高，RFLP连锁图上还有很多大的空间区。随机扩增多态DNA标记技术(RAPD)，优点：与RFLP相比，RAPD技术简单，DNA用量少，试验设备简单，不需DNA探针，设计引物简单，而且不需要同位素，安全性好。缺点：RAPD技术受许多因素影响，实验的稳定性和重复性差，首先是显性遗传，不能识别杂合子位点，这事的遗传分析相对复杂，在基因定位，做连锁遗传图时，会因显性遮盖作用而使计算位点间遗传距离的准确性下降；其次，RAPD对反应条件相当敏感，包括模板浓度，Mg²⁺浓度，所以实验的重复性差。扩增片段长度多态技术(AFLP)，优点：它兼具RAPD与RFLP的优点，有较高的稳定性，用少量的选择性引物能在较短时间内监测到大量位点，各染色体上AFLP标记的数目与染色体长度呈正相关，通过少量效率高的引物组合，可获得覆盖整个基因组的AFLP标记。缺点：AFLP对基因组纯度和反应条件较高，容易受DNA污染，操作技术难度大。用于遗传作图时，少数的标记与图谱紧密度有出入。第二代分子标记技术，微卫星标记技术SSR，优点：具有很高的多态性,而且一般为共显性。缺点：工作量大，费用也高，实际应用少。第三代分子标记：单核苷酸多态性(SNP)优点：具有共显性，能获得的标记数量多，易于实现高通量。是基因组中最简单。最常见的多态性形式，具有很高的遗传稳定性。缺点：芯片成本高，由于DNA样品的复杂性，有些SNP不能被捡起。表达序列标签(EST)优点：成本低，操作简单。有助于人们从分子水平理解物种的多样性，并可利用其中感兴趣的序列信息。缺点：所获基因组信息不全，如不能体现出内含子，调控序列等在基因表达调控中重要的信息。

转座子是一类在基因组上可以自由跳跃(复制或移位)的移动DNA序列，广泛存在于生物基因组中。由于转座子能在其寄主的基因组中复制、移动，因此，能在基因组上产生转座子插入多态性(Transposon insertion polymorphisims，TIP)，对物种、品种、亚种、品系形成发挥了重要作用。利用转座子插入多态性(TIP)建立的新型分子标记技术在遗传进化研究中的应用为我们理解高等生物基因组的进化提供了新视角。