[发明专利]一种基于猪SINE转座子插入多态性研发新型分子标记的方法

权利要求书

1.一种基于猪SINE转座子插入多态性筛选分子标记的方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)利用SINE的核苷酸序列作为查询序列，在生物学公用数据库中对猪公开的基因组进行检索，寻找插入位点；所述SINE的核苷酸序列如SEQ ID No.1、SEQ ID No.2、SEQ IDNo.3、SEQ ID No.4、SEQ ID No.5、SEQ ID No.6、SEQ ID No.7、SEQ ID No.8、SEQ ID No.9、SEQ ID No.10、SEQ ID No.11、SEQ ID No.12、SEQ ID No.13、SEQ ID No.14、SEQ IDNo.15、SEQ ID No.16、或SEQ ID No.17所示；

(2)针对步骤(1)寻找到的SINE的每个插入位点，分别向上游和下游延伸300-500个核苷酸序列，然后分别下载每条序列；

(3)将步骤(2)获得的序列去除冗余；

(4)根据步骤(3)获得的序列信息设计检测引物，作为待验证分子标记引物，其中使一侧引物位于SINE插入位点的5’端基因组侧翼序列中，另一侧引物位于SINE的3’端基因组侧翼序列中；

(5)利用步骤(4)所得的待验证分子标记引物PCR扩增不同品种，或同一品种不同个体基因组样品，选取能清晰扩出条带且有多态性的引物组合，获得分子标记。

2.根据权利要求1所述基于猪SINE转座子插入多态性筛选分子标记的方法，其特征是：所述步骤(3)是将获得的序列利用CD-HIT程序按照相似性95％进行合并，去除冗余，最终获得若干基因组位置特异序列。