[发明专利]用于筛选长牡蛎高糖原含量亲贝的方法及其相关引物对

说明书

本发明涉及一种用于筛选长牡蛎高糖原含量亲贝的方法及其相关SNP标记的引物对。该SNP位点在基因组DNA中存在A和G两个等位基因形式；其上下游500bp核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。实施结果表明利用该方法可以准确检测该SNP位点，筛选高糖原含量个体。同时该位点GG基因型个体相比较于AA基因型个体，糖原含量显著提高4.5％。后续可以通过该方法，筛选GG基因型的亲贝，指导牡蛎育种。本发明提供了一个筛选长牡蛎高糖原含量个体的SNP标记开发及其潜在应用，其有益效果在于可以在苗种繁育前对亲贝进行基因型鉴定，提高子代糖原含量。本研究结果获得SNP标记可信度更高，适应群体的范围更广，效果更稳定。

技术领域

本发明属于基因工程与遗传育种领域，涉及到一种用于筛选长牡蛎高糖原含量亲贝的方法及其相关SNP标记的引物对。

背景技术

牡蛎是一种重要的海洋水产资源，也是世界上最重要的海水养殖贝类之一。我国牡蛎养殖规模和产量多年都稳居世界首位，但是长期以来，我国牡蛎只能自产自销，难以进入高端市场。究其原因，主要是由于在养殖和繁育过程中，只注重牡蛎的高产高量，忽视了其营养品质的含量。而糖原等营养物质的高含量是牡蛎最主要的特色之一，其不仅影响牡蛎的肥满度和产量，同时影响着牡蛎消费口感，是牡蛎产品品质的重要组成部分。所以提高糖原等营养品质的含量并进行遗传改良，是解决我国牡蛎产业高产低效现状的重要途径。

水产动物育种研究起步晚，且目前主要采用传统的群体选育方法，构建家系，其主要弊端在于育种周期长，见效慢。而近年来，随着育种技术发展，分子标记辅助选育以及全基因组选择等逐渐应用于水产动物育种，大大提高了贝类的遗传育种水平，相比较于传统育种，显著提升了性状的选育效率和精度。同时利用分子标记辅助选择可以减少盲目性，缩短育种年限，提高育种的效率。而进行分子育种关键是获得可靠的分子标记。目前普遍采用的手段是性状的QTL定位及全基因组关联分析GWAS。虽然QTL 定位方法能够快速定位与性状相关联的染色体区段，在性状解析方面具有准确度高的特点。但其基于有限减数分裂的连锁分析，定位的基因组大片段的区域都连锁在一起，很难精确定位。而全基因组关联分析GWAS的方法则能全基因组范围内对遗传变异基因进行总体关联分析，将关联位点定位于很小的区间内，显著提高了定位的准确度和精度，尤其适用于复杂性状的遗传解析。

尽管GWAS在作物和畜禽的农业生物研究中发挥了重要作用，但在水产动物中还仅有少量报道。在贝类已有的研究中，分子标记开发主要集中已知的功能基因上，标记相对数目不多，且不一定能获得主效位点，无法对表型的遗传调控机制有一个全面的认识。迄今为止，还未有基于全基因组关联分析获得主效位点的相关报道。但随着长牡蛎全基因组测序的完成以及高密度遗传连锁图谱的获取，本研究团队率先进行了牡蛎关键品质性状的GWAS分析，获得影响品质性状的关键位点及其基因，其中包括控制糖原含量的主效多态性位点及关键基因。而本发明在全基因组关联分析的基础上，开发海量SNP标记，解析决定牡蛎糖原含量的遗传基础，筛选出与糖原含量极显著相关的SNP标记，用于筛选高糖原含量个体。与以往开发的单个SNP位点相比，该研究结果可靠性更强，适用群体范围更广。

发明内容：

本发明的目的是提供一种与长牡蛎糖原含量相关的SNP标记，为长牡蛎的分子标记辅助选择提供参考。