[发明专利]西瓜品种“京美”的特异性鉴定方法有效
| 申请号: | 201710590297.5 | 申请日: | 2017-07-19 |
| 公开(公告)号: | CN107164545B | 公开(公告)日: | 2020-10-27 |
| 发明(设计)人: | 许勇;张海英;宫国义;孙宏贺;郭绍贵;张洁;任毅;李茂营 | 申请(专利权)人: | 北京市农林科学院 |
| 主分类号: | C12Q1/6895 | 分类号: | C12Q1/6895;C12Q1/6858 |
| 代理公司: | 北京纪凯知识产权代理有限公司 11245 | 代理人: | 关畅;张立娜 |
| 地址: | 100097 北京市海淀区曙光*** | 国省代码: | 北京;11 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 西瓜 品种 特异性 鉴定 方法 | ||
1.西瓜品种“京美”的特异性鉴定方法,包括如下步骤:
(A)建立西瓜品种“京美”的特异性分子身份证,包括如下步骤:
(A1)以西瓜品种“京美”的基因组DNA为模板,采用28个核心SSR引物对分别进行PCR扩增,得到扩增产物;
其中,所述28个核心SSR引物对及每个引物对在西瓜种质资源范围内对应的理论上所有可能扩增片段的大小分别为如下a1)-a28):
a1)由序列1和序列2所示两条DNA单链组成的引物对1;267bp、259bp、246bp;
a2)由序列3和序列4所示两条DNA单链组成的引物对2;164 bp、162 bp、160 bp、156bp;
a3)由序列5和序列6所示两条DNA单链组成的引物对3;150 bp、140 bp;
a4)由序列7和序列8所示两条DNA单链组成的引物对4;140 bp、134 bp;
a5)由序列9和序列10所示两条DNA单链组成的引物对5;166 bp、157 bp;
a6)由序列11和序列12所示两条DNA单链组成的引物对6;170 bp、133 bp;
a7)由序列13和序列14所示两条DNA单链组成的引物对7;229 bp、221 bp;
a8)由序列15和序列16所示两条DNA单链组成的引物对8;178 bp、163 bp;
a9)由序列17和序列18所示两条DNA单链组成的引物对9;279 bp、269 bp;
a10)由序列19和序列20所示两条DNA单链组成的引物对10;245 bp、195 bp、187 bp;
a11)由序列21和序列22所示两条DNA单链组成的引物对11;275 bp、268 bp、168 bp;
a12)由序列23和序列24所示两条DNA单链组成的引物对12;240 bp、209 bp;
a13)由序列25和序列26所示两条DNA单链组成的引物对13;210 bp、189 bp;
a14)由序列27和序列28所示两条DNA单链组成的引物对14;180 bp、172 bp;
a15)由序列29和序列30所示两条DNA单链组成的引物对15;225 bp、195 bp;
a16)由序列31和序列32所示两条DNA单链组成的引物对16;299 bp、278 bp、245 bp;
a17)由序列33和序列34所示两条DNA单链组成的引物对17;130 bp、125 bp;
a18)由序列35和序列36所示两条DNA单链组成的引物对18;175 bp、165 bp、145 bp;
a19)由序列37和序列38所示两条DNA单链组成的引物对19;210 bp、190 bp、160 bp、129 bp;
a20)由序列39和序列40所示两条DNA单链组成的引物对20;210 bp、158 bp;
a21)由序列41和序列42所示两条DNA单链组成的引物对21;300 bp、279 bp、252 bp;
a22)由序列43和序列44所示两条DNA单链组成的引物对22;190 bp、165 bp;
a23)由序列45和序列46所示两条DNA单链组成的引物对23;128 bp、120 bp;
a24)由序列47和序列48所示两条DNA单链组成的引物对24;184 bp、170 bp;
a25)由序列49和序列50所示两条DNA单链组成的引物对25;258 bp、249 bp;
a26)由序列51和序列52所示两条DNA单链组成的引物对26;174 bp、168 bp;
a27)由序列53和序列54所示两条DNA单链组成的引物对27;249 bp、237 bp;
a28)由序列55和序列56所示两条DNA单链组成的引物对28;152 bp、143 bp;
(A2)将所述扩增产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,根据电泳图谱构建“0,1”矩阵;所述根据电泳图谱构建“0,1”矩阵的方法为:观察所述电泳图谱在每个参考条带位置有无条带出现,根据观察结果对所述电泳图谱中所有参考条带的出现与否按照特定顺序依次进行标记,有条带的记为“1”,无条带的记为“0”;
所述所有参考条带为步骤(A1)中出现的所述28个核心SSR引物对在西瓜种质资源范围内对应的理论上所有可能扩增片段的条带,共66个;
所述特定顺序为:所述28个核心SSR引物对按照步骤(A1)中a1)-a28)的顺序排列,每个引物对在西瓜种质资源范围内对应的理论上所有可能扩增片段按照由大到小的顺序排列;
所述“0,1”矩阵或由所述“0,1”矩阵转换而成的二维码即为西瓜品种“京美”的特异性分子身份证;
(B)以待测西瓜的基因组DNA替代步骤(A1)和(A2)中的西瓜品种“京美”的基因组DNA,执行步骤(A1)和(A2),得到所述待测西瓜的指纹图谱;
所述待测西瓜的指纹图谱为所述待测西瓜的“0,1”矩阵或由所述“0,1”矩阵转换而成的二维码;
(C)将所述待测西瓜的指纹图谱与所述西瓜品种“京美”的特异性分子身份证进行比对,按照如下确定所述待测西瓜是否为“京美”:如果所述待测西瓜的指纹图谱与所述西瓜品种“京美”的特异性分子身份证相符,则所述待测西瓜为或候选为“京美”;反之,则所述待测西瓜不为或候选不为“京美”。
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