[发明专利]鉴定生物样本间亲缘关系的方法和系统

说明书

本发明提出了一种鉴定生物样本间亲缘关系的方法。该方法包括：(1)基于来自于第一生物体的第一核酸样本和来自于第二生物体的第二核酸样本，构建测序文库；(2)对步骤(1)中所得到的所述测序文库进行测序；(3)基于步骤(2)的测序结果，确定所述第一核酸样本和所述第二核酸样本在预定SNP位点的碱基类型；(4)基于步骤(3)中所得到的结果，确定所述第一生物体与所述第二生物体的亲缘关系。利用根据本发明实施例的鉴定生物样本间亲缘关系的方法，非父排除率可达99.99％，并且有效实现了小孕周胎儿(如6～8周)的亲子鉴定。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体地，本发明涉及鉴定生物样本间亲缘关系的方法和系统，更具体地，本发明涉及鉴定生物样本间亲缘关系的方法、系统、用于对测序文库进行筛选富集的试剂盒以及检测预定SNP位点的试剂在制备设备中的用途。

背景技术

传统的产前亲子鉴定方法是直接通过获取胎儿绒毛、羊水、脐血或胎儿组织来进行亲子鉴定，这种侵性技术对孕妇和胎儿均有一定风险，有1％的可能性导致宫内感染、羊膜破裂、流产、胎儿畸形或死亡等。

1997年学界发现孕妇外周血中含有胎儿游离DNA，从孕5周开始即可检测出胎儿血浆游离DNA(cfDNA)，并且随着孕周增加而增加。在孕妇生产后2小时内血浆中胎儿cfDNA会迅速消除。这为无创产前相关检测提供理论基础。

现有的亲子鉴定技术有：

一代STR检测技术：STR(短串联重复序列)为人类基因组中多态性基因座，它由2-6碱基对构成核心序列，呈串联重复排列，STR位点长度一般在100-300bp之间，个体之间STR长度差异构成多态性，在基因传递中遵循孟德尔遗传定律，已广泛应用于法医学个体识别和亲子鉴定。市面一般为18个STR位点左右的检测试剂盒。

基于NGS(下一代测序)检测技术：类似产品主要有Illumina FGx，基于STR和SNP(单核苷酸多态性)位点的亲子鉴定和个体识别，NGS的高通量测序技术并且自动分型生成报告。

然而，亲子鉴定技术仍有待进一步开发和改进。

发明内容

本申请是基于发明人对以下事实和问题的发现和认识作出的：

一代STR检测通常通过毛细管电泳检测20个位点左右，该检测方法只适用于胎儿羊水或绒毛样本，而抽取羊水或胎儿绒毛属于有创性取样方法，有1％可能性导致宫内感染和流产；而侵入性取样一般只能在16-24周进行，因而一代STR检测也只能解决孕期这一时间段的亲子鉴定问题；传统STR的扩增产物片段较长，当检测血浆游离DNA时，存在等位基因丢失的问题，因此传统STR位点并不适用于无创产前亲子鉴定检测。基于NGS的检测技术，如Illumina FGx，不适用于cfDNA这种降解DNA的检测，也不具有从母血血浆中检测胎儿基因型的功能。

本发明旨在至少在一定程度上解决相关技术中的技术问题之一。为此，本发明提出了一种只需抽取孕妇外周血，对游离DNA中的胎儿多态性位点进行分型，进而得到准确的母子基因型的鉴定生物样本间亲缘关系的方法。

在本发明的第一方面，本发明提出了一种鉴定生物样本间亲缘关系的方法。根据本发明的实施例，所述方法包括：(1)基于来自于第一生物体的第一核酸样本和来自于第二生物体的第二核酸样本，构建测序文库；(2)对步骤(1)中所得到的所述测序文库进行测序；(3)基于步骤(2)的测序结果，确定所述第一核酸样本和所述第二核酸样本在预定SNP位点的碱基类型；(4)基于步骤(3)中所得到的结果，确定所述第一生物体与所述第二生物体的亲缘关系，其中，所述预定SNP位点包括，所述预定SNP位点包括选自表1中所示位点的至少之一。

表1：