[发明专利]一种对虾健康状况指示菌群的筛选方法

权利要求书

1.一种对虾健康状况指示菌群的筛选方法，其特征在于具体步骤如下：

(1)设共有N个样品，其中有a个健康和b个病害样品，前期所有样品通过Illumina高通量测序获得准确完整的细菌门组成，共得到m种细菌门，计算每个细菌门的相对丰度；

(2)选取a个健康样品的细菌门群落，以每一个细菌门的相对丰度与所对应样品的虾龄进行随机森林计算，结合10倍交叉验证鉴定出与健康对虾虾龄显著相关的菌群，从而确定虾龄指示菌门的组合；

(3)在m种细菌门中去掉步骤(2)中筛选到的虾龄指示菌门，且仅保留与b个病害样品相同虾龄的健康对虾样品的细菌门群落，以对虾健康状况为主变量，利用随机森林模型结合10倍交叉验证筛选出对虾健康状况指示菌群，所述的对虾健康状况指示菌群的组成如下：由浮霉状菌门；γ变形菌纲；衣原体门；绿屈挠菌门；蓝细菌门；放线菌门；δ变形菌纲；拟杆菌门和螺旋体门组成，所述的对虾健康状况指示菌群的特异性引物序列如下：

2.根据权利要求1所述的一种对虾健康状况指示菌群的筛选方法，其特征在于通过定量PCR检测获得健康状况指示菌群相对丰度的方法具体步骤如下：随机挑取健康和病害对虾肠道微生物DNA样品，以总细菌16S基因为参比，利用各健康状况指示菌特异性引物进行定量PCR检测，采用2^-△△t法计算各健康状况指示菌相对丰度。

3.根据权利要求2所述的一种对虾健康状况指示菌群的筛选方法，其特征在于所述的定量PCR检测反应体系20μL组成如下：2×FastStart SYBR green mix 10μL，50×ROXReference Dye 0.4μL，浓度为50ng/μL的上下游引物各0.8μL，模板8μL；反应参数为40个循环，95℃变性15s，60℃退火20s，72℃延伸30s。