[发明专利]人类亲权鉴定用多重PCR引物组及检测方法

说明书

本发明优化了SNP位点在亲权鉴定检测中的筛选条件，并依据筛选条件构建了由SNP遗传标记位点组成的多重PCR引物组，采用该引物组进行人类亲权鉴定能够克服怀孕早期无创亲子鉴定的不足，准确度高，可应用于司法鉴定以及法医学研究中。

技术领域

本发明涉及医疗检测领域，通过使用特定的SNP标记组合对人类亲权关系进行检测，具体涉及表一中部分或全部核苷酸序列以及检测方法。

背景技术

亲权鉴定是指通过对人类遗传标记的检测，根据遗传规律分析，对个体之间血缘关系的鉴定。目前用于亲权鉴定的方法是DNA分析，由于最早时的第一代遗传标记--限制性片段长度多态性(RFLP)具有自身的局限性，检测过程费时费力，且一次仅能检测一个位点，多态性程度较低，因此在亲权鉴定中的应用逐渐减少；此后以第二代遗传标记--短串联重复序列(STR)为主的分型技术成为个体识别与亲权鉴定研究中使用频率最高的分子标记，它具有信息量大、分布广泛、易于检测、多态性程度高且遵循孟德尔共显性遗传等特点。在应用STR进行亲权鉴定时，检测的基因座需要达到15-20个，若出现3个及3个以上违反遗传规律的基因座，则可排除亲权关系。然而，近年来发现STR标记判型错误率较高，重复性差，会直接影响亲权鉴定的准确性和可重复性。

单核苷酸多态性(SNP)作为继RFLP和STR后的第三代遗传标记，越来越多地受到人们的关注。目前大量的SNP标记已经被应用于基因功能研究和疾病的关联分析中，并已逐渐取代STR，成为首选的遗传标记，SNP标记因其具有分布广泛，数量丰富，遗传稳定，高通量检测快速准确等其他标记无法比拟的优势，因此在无创亲子鉴定领域中成为新兴热门的鉴定方法。

起初，孕妇怀孕期间，但又不确定怀孕的胎儿父亲是谁，能解决的方法是在怀孕期间进行绒毛膜取样或羊膜穿刺，但这会带来流产的风险，另外的一种方法是等胎儿出生后再去鉴定生父。直到1997年，Lo等人研究证实，孕妇的血液中存在胎儿游离DNA，这为无创亲子鉴定提供了技术依据。

随着高通量测序技术的发展，基于SNP标记位点对在怀孕期间对胎儿进行无创亲子鉴定成为亲权鉴定的主要发展方向。但用于无创鉴定的胎儿游离DNA数量有限，SNP标记分布众多，富集过程容易导致测序结果读取(Reads)数目分布差异较大，背景噪音引起结果偏差，基因组突变差异对SNP遗传差异造成较大干扰，容易造成怀孕早期无创检测结果的准确性降低。

发明内容

有鉴于此，本发明创造旨在提出一组人类亲权鉴定用多重PCR引物组及检测方法，能够克服怀孕早期无创亲子鉴定的不足，准确度高，可应用于司法鉴定以及法医学研究中。

本发明创造提供的人类亲权鉴定用多重PCR引物组，所涉及的SNP位点及引物满足以下条件：

T1：常染色体上SNP位点的MAF值大于0.4；

T2：X染色体上SNP位点的MAF值大于0.3；

T3：Y染色体上SNP位点的MAF值大于0.1；

T4：MAF的频率在北京人种和亚洲人种中同时要满足上述T1,T2,T3频率要求；

T5：所选的SNP位点不能位于人类常见CNV区域；

T6：所选SNP位点与其相邻3bp组成的区域不能是3个或3个以上相同的碱基重复序列；

T7：所选SNP位点与其左右50bp组成的区域不能存在循环(Repeat)序列；

T8：所选SNP位点上已知的基因型不能超过两种；

T9：所选SNP位点之间的距离要大于4,000,000bp；

T10：对SNP左右75bp进行发夹结构，二聚体的预测，去除存在发夹结构或二聚体的SNP位点；