[发明专利]人类亲权鉴定用多重PCR引物组及检测方法

权利要求书

1.一种人类亲权鉴定用多重PCR引物组，所涉及的SNP位点及引物满足以下条件：

T1：常染色体上SNP位点的MAF值大于0.4；

T2：X染色体上SNP位点的MAF值大于0.3；

T3：Y染色体上SNP位点的MAF值大于0.1；

T4：MAF的频率在北京人种和亚洲人种中同时要满足上述T1,T2,T3频率要求；

T5：所选的SNP位点不能位于人类常见CNV区域；

T6：所选SNP位点与其相邻3bp组成的区域不能是3个以上相同的碱基重复序列；

T7：所选SNP位点与其左右50bp组成的区域不能存在循环(Repeat)序列；

T8：所选SNP位点上已知的基因型不能超过两种；

T9：所选SNP位点之间的距离要大于4,000,000bp；

T10：对SNP左右75bp进行发夹结构，二聚体的预测，去除存在发夹结构或二聚体的SNP位点；

T11：把SNP左右50bp的序列切割成30bp k-mer，重新比对到基因组，比对质量相加，最大者优先选择；

T12：对上述所选SNP位点进行高通量测序，进行重复测序实验，计算每个SNP位点测得的reads数目中位数，计算这些中位数的标准差，去除中位数大于或小于标准差3倍的SNP位点；

所述多重PCR引物组包括表一所示的714对引物组中的前415对以上的引物组。

2.一组由SNP遗传标记位点组成的多重PCR引物组，由包括表一中的前415对以上的引物组构成。

3.人类亲权鉴定的检测方法，包括下述步骤：

S1：提取孕妇新鲜外周血浆中的胎儿游离DNA；提取基因组DNA，包括孕妇DNA、疑似父亲DNA；

S2：利用权利要求1-2中任一项所述的多重PCR引物组进行多重PCR扩增，分别对疑似父亲DNA、孕妇DNA和胎儿游离DNA进行富集；

S3：分别对扩增后的PCR产物进行文库构建、稀释后，采用高通量测序方法进行测序；

S4：根据测序结果对疑似父亲、孕妇、胎儿的SNP位点对应的基因型进行比对，进行亲权关系推断。

4.根据权利要求3所述的人类亲权鉴定的检测方法，其特征在于，所述疑似父亲DNA包括从外周血中提取的gDNA、从干血片中提取的gDNA、从口腔上皮细胞中提取的gDNA、从带毛囊的毛发中提取的gDNA、或从指甲中提取的gDNA。

5.根据权利要求3所述的人类亲权鉴定的检测方法，其特征在于，所述步骤S3中，高通量测序采用Ion proton平台或Illumina平台进行上机测序。

6.根据权利要求3所述的人类亲权鉴定的检测方法，其特征在于，所述步骤S4中，所述亲权关系推断步骤包括：

S4-1：选取测序深度大于200的SNP位点；

S4-2：选取孕妇SNP位点中最大等位基因Reads频率大于99％的位点；

S4-3：对亲权关系进行比对计算，获得亲权关系相关数据。