[发明专利]一种检测BRCA1/2基因突变的引物池及检测方法

说明书

本发明公开了一种检测BRCA1/2基因突变的引物组及方法。所述引物组包括三个引物池，共有97对引物，其上下游引物序列依次如SEQ ID NO.1～194所示。首先提取待测样本DNA，利用上述三个引物池进行多重PCR扩增，然后将三个引物池扩增所得目的片段合在一起，构建文库；最后文库测序并通过生物信息分析，获得样本BRCA1/2基因突变情况。该方法具有高通量、高准确性、高灵敏度、高自动化程度、样本需求量少、低成本、快速、可检测多种突变类型、可同时检测多位点突变等优点，可应用于肿瘤高风险筛查、用药指导以及预后等，在国内BRCA1/2基因突变检测及致病性分析评估方面具有重要的意义，具有广阔的应用前景。

技术领域

本发明属于基因分析技术领域。更具体地，涉及一种基于半导体测序技术的BRCA1/2基因突变的检测引物池、检测方法及试剂盒。

背景技术

BRCA1/2基因是一类肿瘤抑制基因，参与细胞同源重组修复(HRR)过程，能确保细胞的遗传物质(DNA)的稳定性，防止细胞变异。携带BRCA1或BRCA2的有害突变的人群罹患卵巢癌和乳腺癌的风险将显著增高，并且还存在一定的家族遗传性。同时，有害的BRCA1/2突变还可能增加患胰腺癌，胃癌，胆囊和胆管细胞癌，黑色素瘤、男性乳腺癌等其它风险。

另外，研究发现BRCA1/2突变患者的5年生存率显著高于未突变者，对于铂类、脂质体阿霉素的敏感性也优于未突变者。BRCA1/2突变的患者(如卵巢癌、乳腺癌)给予PARPi，可显著抑制、杀死肿瘤细胞，延长患者的无进展生存。奥拉帕利是全球第一个针对BRCA1/2突变的PARPi，2014年，EMA批准奥拉帕利用于铂类敏感复发的BRCA突变卵巢癌，美国FDA批准了奥拉帕利可用于既往三线及以上铂类化疗的BRCA突变卵巢癌患者。因此卵巢癌患者的BRCA突变检测，能更好的评估患者预后、优化治疗方案、评价其亲属卵巢癌发病风险。

BRCA1基因定位于人类染色体17q21，于1994年由Miki等克隆成功。BRCA1具有24个外显子，1号外显子不参与蛋白质的编码，4号外显子编码Alu重复序列，其中22个外显子编码一个具有1863个氨基酸的蛋白质，分子量为180000～220000D。BRCA2基因定位于人类染色体13q12-13，于1995年由Wooste克隆成功，它具有27个外显子，编码区长度为11.2kb，大约为BRCA1基因的2倍，编码一个具有3418个氨基酸的蛋白质。BRCA1/2基因发现已有20多年，针对不同人群的BRCA突变情况，已有较多报道，其中在卵巢癌家族史人群，BRCA胚系突变的发生率大致在12％～80％，而在散发的卵巢癌患者，BRCA胚系突变发生率为5％～29％，但研究数据的人群都是以高加索人种为主，仅有少量研究涉及到亚裔人群。此外，BRCA基因序列较大，整个BRCA基因的编码区突变都有可能造成BRCA基因的功能异常，而且目前的数据发现BRCA突变缺乏明确的突变热点，因此BRCA检测需要通过整个编码区的测序，通过比对目前大样本的数据库分析来确认，目前使用的数据库都是欧美人群的BRCA突变数据，缺乏中国人群特有的BRCA突变数据，因此中国人群的BRCA突变确认存在障碍。到目前为止，尚没有针对中国人群的BRCA突变率及突变特点的大样本研究。因此，针对中国人群的BRCA胚系突变情况的研究显得尤为迫切。