[发明专利]检测微卫星位点不稳定性的方法及装置

说明书

本发明公开了一种检测微卫星位点不稳定性的方法及装置。其中，该方法包括以下步骤：S1，样本处理；S2，数据处理：包括利用比对软件将测序序列比对到参考基因组上，得到比对文件，未比对上的序列形成软截断，然后根据比对的位置进行排序，并用samtools软件建立index；S3，检测微卫星位点不稳定性：使用有显著差异的位点覆盖率确定样本的微卫星不稳定情况。应用本发明的技术方案，结合目标区域捕获的高通量测序技术，可以极大的提高检测的位点数量，然后再判断病理样本和对照样本的差异，加上统计学检验，来确定样本的微卫星的稳定性，降低了现有技术中微卫星位点稳定性检测中假阳性和假阴性的发生概率。

技术领域

本发明涉及生物信息学技术领域，具体而言，涉及一种检测微卫星位点不稳定性的方法及装置。

背景技术

人类基因组中都存在由均匀分布的2～6个核苷酸的串联重复片段构成的简单重复序列，即微卫星位点，部分结直肠癌病人的特定碱基重复序列会发生插入或缺失，这个现象与肿瘤的发生发展相关，但这一现象并不能作为疾病的诊断和患病风险判断的依据。现有技术中，该检测通常包括：从样本中提取DNA，捕获肿瘤相关基因，进行高通量测序，并结合微卫星位点的序列信息对结直肠癌样本的微卫星位点稳定性进行检测。

目前常用的微卫星位点稳定性检测方法是基于检测美国国家肿瘤研究所曾经通过的MSI检测的统一检测标准：检测5个重复区域(微卫星位点)的不稳定情况来判定样本的微卫星位点稳定情况。然而，这种方法由于位点数较少的限制常常会存在假阳性和假阴性的情况发生。

发明内容

本发明旨在提供一种检测微卫星位点不稳定性的方法及装置，以降低现有技术中微卫星位点稳定性检测中假阳性和假阴性的发生概率。

为了实现上述目的，根据本发明的一个方面，提供了一种检测微卫星位点不稳定性的方法。该方法包括以下步骤：S1，样本处理：包括样本DNA提取、打断、加接头、杂交捕获、洗脱、富集及测序；S2，数据处理：包括利用比对软件将测序序列比对到参考基因组上，得到比对文件，未比对上的序列形成软截断，然后根据比对的位置进行排序，并用samtools软件建立index；S3，检测微卫星位点不稳定性：包括：S31，确定待检测微卫星位点的区域；S32：对S31中确定待检测微卫星位点，确定比对文件中在相应位置的重复类型，对于各种重复类型，计算病理组织样本和对照样本每个位点每种重复类型各自所支持的reads条数；S33：对S32中的各种重复类型和位点进行过滤，使用曼惠特尼秩和检验判定每个位点在病理组织样本和对照样本中的差异情况，最后，使用有显著差异的位点覆盖率确定样本的微卫星不稳定情况。

进一步地，S2中，利用BWA-mem比对软件将测序序列比对到参考基因上。

进一步地，方法用于检测结直肠癌微卫星位点的不稳定性。

确定待检测微卫星位点的区域包括：

进一步地，样本DNA包括病理组织样本DNA和对照样本血液白细胞DNA。