[发明专利]用于预测肝癌预后的lncRNA标志物在审
申请号: | 201710303403.7 | 申请日: | 2017-05-02 |
公开(公告)号: | CN106893784A | 公开(公告)日: | 2017-06-27 |
发明(设计)人: | 杨承刚;宋宏涛;董东 | 申请(专利权)人: | 北京泱深生物信息技术有限公司 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68;G06F19/24 |
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地址: | 100080 北京市海*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 预测 肝癌 预后 lncrna 标志 | ||
1.lncRNA在制备预测肝癌预后的产品中的应用,其特征在于,所述lncRNA选自MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1和AC127904.2中的一种或几种。
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述产品包括芯片、或试剂盒。
3.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述产品包括检测样本中MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2的表达水平的试剂。
4.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,所述试剂选自:
特异性识别MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2的探针;或
特异性扩增MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2的引物。
5.一种预测肝癌预后的产品,其特征在于,所述产品通过检测标本中MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2表达水平来预测肝癌的预后结果。
6.根据权利要求5所述的产品,其特征在于,所述产品包括:通过RT-PCR、实时定量PCR、原位杂交、芯片或高通量测序平台检测MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2的表达水平。
7.根据权利要求5或6所述的产品,其特征在于,每例标本在分别进行检测后,使用公式:进行风险评分,其中,N为用于预测预后的lncRNA数,Expi为每个lncRNA的表达水平,Ci为每个lncRNA的回归系数;lncRNA MKLN1-AS、RP11-133K1.6、RP1-228H13.5、LRRC3-AS1或AC127904.2对应的回归系数分别为0.290、0.403、0.531、-0.175、-0.330,Ci小于0代表基因低表达,Ci大于0代表基因高表达。
8.根据权利要求7所述的产品,其特征在于,评价个体肝癌预后的信息时,把患者的lncRNA的表达水平代入公式中,得出风险评分,然后与确定的cut-off值比较,小于该值的患者属于低危组,大于该值的患者属于高危组。
9.一种建立肝癌患者预后预测模型的方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
(1)将患者分为训练组和验证组,从训练组受试者采集的标本中测定差异表达基因;
(2)根据所述差异表达基因,确定具有统计显著性的设定值范围;
(3)多变量Cox回归分析每个差异表达基因对生存期的贡献,建立风险评分模型;
(4)使用验证组对风险评分模型进行验证,检验所建模型的预测准确度。
10.根据权利要求9所述的方法,其特征在于,所述风险评分模型为:风险评分=(0.531×RP1-228H13.5的表达水平)+(0.403×RP11-133K1.6的表达水平)+(0.290×MKLN1-AS的表达水平)+(-0.330×AC127904.2的表达水平)+(-0.175×LRRC3-AS1的表达水平),当风险评分大于0时,患者预后不良;当风险评分小于0时,患者预后良好。
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