[发明专利]梨果皮全红芽变性状位点的分子标记及其引物和应用

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及梨遗传育种技术领域，具体涉及梨果皮全红芽变性状位点的分子标记及其引物和应用。

技术背景

梨是国际性的大宗水果，也是我国的主要水果之一，其果实营养丰富，味美多汁，香甜可口，深受人民的喜爱。果皮颜色是最能吸引人们注意的果实性状之一，是果实品质和商品性的重要组成部分。近年来，健康消费的观念日益深入人心，红色梨被认为具有更高的健康价值而受到市场的青睐，红色梨品种的选育也日益受到各国梨育种研究机构的重视。在我国，红皮梨种植面积较小，现有红皮梨资源多为幼果期不着色、在果实发育中后期着色，着色状况受环境条件影响较大的阳面红晕类型；而西洋梨品种‘巴梨’的全红型芽变品种‘红巴梨’以及我国‘早酥’梨的全红型芽变品种‘红早酥’的果实在幼果期即全面着红色，且能一直保持，受环境条件影响较小，利用这些全红型芽变品种做亲本，可望选育出在我国北方和南方均能着色良好的红皮梨新品种。

目前，在梨育种工作中主要采用的是传统的杂交育种手段，杂交种子培育成苗，并度过数年的童龄期结果之后，再对所有杂种单株生长结果性状进行后期评价，根据评价结果决定留下和淘汰的杂种单株。该方法的育种周期长、占地面积大、耗时耗力，育种效率低。近年来，分子生物学迅速发展并与作物遗传育种相结合，产生了分子标记辅助选择育种技术，使得对传统杂交育种获得的杂交单株进行提早选择和高效选择成为可能。梨全红型芽变品种的红皮性状分子标记用于分子标记辅助选择育种，则可以大大提高以该类型品种为亲本的红皮梨育种选择效率，节约杂交单株种植养护和调查考种的成本，促进我国梨育种由常规育种向分子育种手段转变。

发明内容

为了实现上述目的，本发明提供了一种梨果皮全红芽变性状位点及与该位点紧密连锁的分子标记，设计了其引物，并在以该类型品种为亲本的红皮梨育种选择中进行了应用，为红皮梨的鉴定提供了新方法，提高了红皮梨育种的准确性和选择效率。

本发明是通过以下技术方法实现的

一种梨果皮全红型芽变性状位点的InDel分子标记，该InDel分子标记为In1579-1，所述的分子标记In1579-1的InDel位点位于梨基因组登录号为NW_008988579.1的组装scaffold上的23081bp处，插入缺失序列为ATTATTTTTTTA或ATTATTTTTTTATTTTTTTA(插入缺失的两个序列可能只出现一个也可能两个同时出现)。

上述梨果皮全红型芽变性状位点的InDel分子标记，所述分子标记In1579-1的扩增产物序列为：CATGTTACAGGTCCAACCTTCTTTCCTTTTATTATTTTTTTAAATGTTTTTGGATTCTGGATTTCAGATTGCAATAGG(78)以及CATGTTACAGGTCCAACCTTCTTTCCTTTTATTATT TTTTTATTTTTTTAAATGTTTTTGGATTCTGGATTTCAGATTGCAATAGG(86)中的一个或两个。杂种后代在In1579-1标记位点的标记基因型为78/86(扩增出78bp和86bp两条带)即为红皮后代，标记基因型为78/78(只扩增出一条78bp的条带)即为绿皮后代。

一种上述梨果皮全红型芽变性状位点的InDel分子标记的引物，所述InDel分子标记In1579-1的引物序列为：

上游引物序列为(SEQ ID NO.11)：5'-CATGTTACAGGTCCAACCTT-3'，

下游引物序列为(SEQ ID NO 12)：5'-CCTATTGCAATCTGAAATCC-3'。

一种梨果皮全红型芽变性状位点的InDel分子标记，该InDel分子标记为In1400-1，所述的分子标记In1400-1的InDel位点位于梨基因组登录号为NW_008988400.1的scaffold上的161533bp处，插入缺失序列为G或GTTA(插入缺失的两个序列可能只出现一个也可能两个同时出现)。