[发明专利]梨果皮全红芽变性状位点的分子标记及其引物和应用

权利要求书

1.一种梨果皮全红型芽变性状位点的InDel分子标记，其特征在于，该InDel分子标记为In1579-1，所述的分子标记In1579-1的InDel位点位于梨基因组登录号为NW_008988579.1的scaffold上的23081bp处，插入缺失序列为ATTATTTTTTTA或ATTATTTTTTTATTTTTTTA。

2.根据权利要求1所述的梨果皮全红型芽变性状位点的InDel分子标记，其特征在于，所述分子标记In1579-1的扩增产物序列为：CATGTTACAGGTCCAACCTTCTTTCCTTTTATTATTTTTTTAAATGTTTTTGGATTCTGGATTTCAGATTGCAATAGG以及CATGTTACAGGTCCAACCTTCTTTCCTTTTATTATTTTTTTATTTTTTTAAATGTTTTTGGATTCTGGATTTCAGATTGCAATAGG中的一个或两个。

3.一种权利要求1或2所述梨果皮全红型芽变性状位点的InDel分子标记的引物，其特征在于，所述InDel分子标记In1579-1的引物序列为：

上游引物序列为：5'-CATGTTACAGGTCCAACCTT-3'，

下游引物序列为：5'-CCTATTGCAATCTGAAATCC-3'。

4.一种梨果皮全红型芽变性状位点的InDel分子标记，其特征在于，该InDel分子标记为In1400-1，分子标记In1400-1的InDel位点位于梨基因组登录号为NW_008988400.1的scaffold上161533bp处，插入缺失序列为G或GTTA。

5.根据权利要求4所述的梨果皮全红型芽变性状位点的InDel分子标记，其特征在于，所述分子标记In1400-1的扩增产物序列为：CAAGGACCAAAGTCACGTATTAGTTATTATCTAAACGGTAAGACTTTTTCTTTTTACATTTTGATCCATCAAGATTTCAAATTCCTCCAAATAGTACTCTTTTCCTAAAGTCGAAGA以及CAAGGACCAAAGTCACGTATTAGTTATTATCTAAACGGTAAGACTTTTTCTTTTTACATTTTGATCCATCAAGATTTCAAATTCCTCCAAATAGTTATACTCTTTTCCTAAAGTCGAAGA中的一个或两个。

6.一种权利要求4或5所述梨果皮全红型芽变性状位点的InDel分子标记的引物，其特征在于，所述InDel分子标记In1400-1的引物序列为：

上游引物序列为：5'-CAAGGACCAAAGTCACGTAT-3'，

下游引物序列为：5'-TCTTCGACTTTAGGAAAAGAGT-3'。

7.根据权利要求1或4所述的梨果皮全红型芽变性状位点的InDel分子标记，其特征在于，所述的梨果皮全红型芽变性状位点命名为Red，位于梨的第四号染色体上，位于登录号为NW_008988579.1的组装scaffold和登录号为NW_008988400.1的组装scaffold及其之间的基因组范围内。

8.权利要求1所述的梨果皮全红型芽变性状位点Red的InDel分子标记In1579-1、权利要求4所述梨果皮全红型芽变性状位点Red的InDel分子标记In1400-1在红皮梨辅助选择育种中的应用。

9.权利要求1或权利要求4所述的InDel分子标记在红皮梨辅助选择育种中的应用，其特征在于，包括以下步骤：

(1)以果皮全红型芽变品种‘T109’为母本、‘红早酥’为父本进行杂交得到F₁单株；

(2)采用常规的CTAB法提取步骤(1)所得杂交组合群体F₁单株幼嫩叶片的DNA；

(3)以InDel分子标记In1579-1或InDel分子标记In1400-1的引物对为引物对步骤(2)所述的DNA进行聚合酶链式反应，得到扩增产物；

(4)将步骤(3)得到的扩增产物在8％非变性聚丙烯酰氨凝胶上进行电泳分离分析；然后根据电泳条带的标记基因型判断杂交组合群体F₁单株的红皮表型和绿皮表型，并根据育种目标选择杂种后代。

10.根据权利要求9所述的InDel分子标记在红皮梨辅助选择育种中的应用，其特征在于，步骤(3)所述的聚合酶链式反应的反应体系和反应程序如下：

所述聚合酶链式反应的扩增体系为20μL的反应体系：Ex Taq 0.1μL；10×Buffer 2μL；dNTPs(2.5mM each)1.6μL；Forward Primer(10μM)0.6μL；Reward Primer(10μM)0.6μL；DNA(10ng/μL)1μL，加入双蒸馏水补足至20μL；

所述聚合酶链式反应的反应程序为：98℃预变性20s；30个循环的98℃10s，55℃30s，72℃45s；72℃10min，之后在10℃条件下保温。