[发明专利]基于高通量测序用于地中海贫血大样本筛查的建库方法在审
申请号: | 201710267517.0 | 申请日: | 2017-04-21 |
公开(公告)号: | CN108728903A | 公开(公告)日: | 2018-11-02 |
发明(设计)人: | 陈川;陈建国;张静;王瑢;杨传春;张文勇 | 申请(专利权)人: | 深圳市乐土精准医疗科技有限公司 |
主分类号: | C40B50/06 | 分类号: | C40B50/06 |
代理公司: | 深圳鼎合诚知识产权代理有限公司 44281 | 代理人: | 孙银行;彭家恩 |
地址: | 518000 广东省深圳市南山*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 地中海贫血 高通量测序 基因突变类型 标签序列 扩增产物 大样本 磷酸化 建库 筛查 文库 样本 特异性引物 条形码序列 不同基因 纯化产物 混合产物 连接产物 目标区域 粘性末端 基因 平末端 新发型 扩增 上机 打断 修复 检测 覆盖 | ||
1.一种基于高通量测序用于地中海贫血大样本筛查的建库方法,其特征在于,包括:
(1)使用带有标签序列的特异性引物分别扩增HBA1、HBA2和HBB基因,其中所述标签序列用于区分不同样本;
(2)将不同样本的相同基因的扩增产物混合,然后将混合后的不同基因的扩增产物混合;
(3)对上一步的混合产物进行纯化;
(4)对上一步的纯化产物进行不完全打断,然后对打断产物进行纯化;
(5)对上一步的纯化产物进行5’磷酸化平末端修复和3’末端加A,获得具有5’磷酸化和3’粘性末端A的DNA片段;
(6)将上一步的DNA片段与含有区分文库的唯一条形码序列的接头相连,获得可以区分文库信息的连接产物;和
(7)对所述连接产物进行纯化,获得适用于高通量测序的上机文库。
2.根据权利要求1所述的建库方法,其特征在于,用于扩增HBA1基因的特异性引物序列如下所示:
HBA1-F:BBBBBBAGCATAAACCCTGGCGCGC(SEQ ID NO:1);
HBA1-R:BBBBBBCTCAGCAAACGTGCCAGGCA(SEQ ID NO:2);
用于扩增HBA2基因的特异性引物序列如下所示:
HBA2-F:BBBBBBCAAGCATAAACCCTGGCGCGC(SEQ ID NO:3);
HBA2-R:BBBBBBTATCCCGGAATGTGCCAACAATGG(SEQ ID NO:4);
用于扩增HBB基因的特异性引物序列如下所示:
HBB1-F:BBBBBBGCCAGTGCCAGAAGAGCC(SEQ ID NO:5);
HBB1-R:BBBBBBGAATGGGAAACAGACGAATGAT(SEQ ID NO:6);
HBB2-F:BBBBBBTTTCAGGGCAATAATGATACAATG(SEQ ID NO:7);
HBB2-R:BBBBBBGGAATGTGGGAGGTCAGTGC(SEQ ID NO:8);
其中,BBBBBB表示所述标签序列,所述标签序列互相不同。
3.根据权利要求2所述的建库方法,其特征在于,所述步骤(2)中,不同样本的相同基因的扩增产物按照等体积混合;混合后的不同基因的扩增产物,按照HBA1、HBA2、HBB1、HBB2扩增产物体积比为1:1:2:2混合。
4.根据权利要求1所述的建库方法,其特征在于,所述纯化采用磁珠纯化。
5.根据权利要求1所述的建库方法,其特征在于,所述接头序列如下:
正链:
5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’(SEQ IDNO:9);
负链:
5’-GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACBBBBBBBBATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG-3’(SEQ ID NO:10);其中BBBBBBBB为所述条形码序列。
6.根据权利要求1所述的建库方法,其特征在于,所述步骤(4)中打断采用超声波打断仪进行。
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