[发明专利]一种肺癌EGFRT790M位点的ddPCR检测优化方法及应用

说明书

技术领域

本发明涉及基因检测领域，特别是涉及一种肺癌EGFR T790M位点的ddPCR检测优化方法及应用。

背景技术

肺癌是最常见的肺原发性恶性肿瘤，绝大多数肺癌起源于支气管粘膜上皮，故亦称支气管肺癌。近50多年来，世界各国特别是工业发达国家，肺癌的发病率和病死率均迅速上升，死于癌病的男性病人中肺癌已居首位。肺癌是全世界发病率和死亡率最高的恶性肿瘤，5年生存率仅为16.8％，每年新确诊肺癌患者达到160万，肺癌同时也是癌症患者死亡的首要病因，每年有140万的人口死于肺癌。2015年美国癌症协会(American Cancer Society,ACS)预计将有222,200新发肺癌病例，158,040人死于肺癌，约占美国所有癌症死亡的27％。肺癌多在40岁以上发病，发病年龄高峰在60～79岁之间，男女患病率为2.3:1。另外种族、家属史与吸烟对肺癌的发病均有影响。临床上对肺癌有一个简单的分法，将之分为小细胞肺癌(缩写SCLC)以及非小细胞肺癌(缩写NSCLC)。

小细胞肺癌约占所有肺癌病理类型中的15％，小细胞肺癌肿瘤细胞倍增时间短、进展快，常伴内分泌异常或类癌综合征；由于患者早期即发生血行转移且对放化疗敏感，故小细胞肺癌的治疗以全身化疗为主，联合放疗和手术进行综合治疗。综合治疗是治疗小细胞肺癌成功的关键。非小细胞肺癌约占所有肺癌病理类型中的85％。这两种类型的肺癌的治疗方案是截然不同的。小细胞肺癌患者主要用化学疗法治疗，外科手术治疗对这种类型肺癌患者并不起主要作用。但是，外科手术治疗对非小细胞肺癌患者来说确实一个很重要的治疗手段。目前对于肺癌的检测包括X-射线扫描、CT、PET-CT、核磁共振、穿刺活检等，但是大于70％的患者确诊时已处于癌症晚期。肿瘤的治疗效果与肿瘤的早期发现有很大的关系，越早发现就越有可能治愈。因此研发一种为肺癌早期诊断提供参考信息的检测技术迫在眉睫。

《ASCO年度报告：2015临床肿瘤学进展》中，液体活检技术被列为肿瘤治疗领域下一个十年趋势之一。循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA，缩写ctDNA)，作为液体活检的首选已逐渐从科研走向临床。而欧盟批准将ctDNA检测用于易瑞沙的伴随诊断则更是标志着ctDNA临床应用的大规模实现。循环肿瘤DNA指的是由肿瘤细胞释放到血液循环系统中的DNA。由于其基本无创，并且能够获得肿瘤的所有突变信息，很好的解决了肿瘤异质性等问题，因此是一类具备广泛应用前景的肿瘤标志物，可用于肿瘤发展及预后状态的无创检测。血浆游离DNA(cell-free DNA，缩写cfDNA)在很早期就被发现，但是其在肿瘤方面的研究却经历了漫长的过程。1948年，科学家第一次报告了人体血液中存在DNA循环；1977年，明确提出癌症患者血液中的DNA循环。人们又花费17年时间指出，这些DNA出现了与癌症有关的突变。但循环DNA的首次实际使用来自另一个领域。目前就职于中国香港中文大学的化学病理学家Dennis Lo推断，如果肿瘤涌出携带DNA的血液，胎儿也能如此。1997年，他成功论证了怀有男婴的孕妇血液中会携带Y染色体。这一发现使得医生可以在孕期初期不干扰胎儿的前提下检查胎儿性别，并能不依靠侵入性试验筛查唐氏综合征等发育性疾病。这也成为妇产诊断学领域的革命性成果。但是存在于外周血液中的游离DNA与癌症关系的理解十分缓慢，部分原因是ctDNA比胎儿DNA更难探测。ctDNA在血液中的含量非常少且极为多变。对患有晚期癌症的患者而言，外周血中ctDNA的含量相对较高；但一般而言，ctDNA仅占总数的1％，甚至少到0.01％。随着肿瘤的疾病进展，ctDNA在血液中的含量也随之升高。因此，如果在超早期就能对血液中含有的极微量的ctDNA进行捕获测序，为肿瘤早期诊断及相关突变提供参考依据，那么对于癌症的早期发现将是革命性的进步。